Operacija želodčnega obvoda ponuja rešitev za mnoge ljudi, ki se borijo z debelostjo, vendar obstajajo nekateri neželeni učinki, ki so običajno povezani s postopkom. Med najpogostejšimi težavami z želodčnim obvodom sta sindrom dumpinga, ki se pojavi, ko se želodec prehitro izprazni, in dehidracija, do katere pride, ko bolnik ne popije dovolj vode. Prebavne motnje so lahko poseben problem tudi za bolnike z želodčnim obvodom. Poleg tega imajo nekateri bolniki začasno izpadanje las po operaciji želodčnega obvoda.
Ena najpogostejših težav z želodčnim obvodom se imenuje dumping sindrom. Ko ima oseba dumping sindrom, se njegov želodec hitro izprazni, neprebavljena hrana pa se premakne v njegovo tanko črevo. V večini primerov se to zgodi bolniku z želodčnim obvodom kmalu po tem, ko je pojedel. Simptomi stanja vključujejo slabost, krče v trebuhu in palpitacije srca. Posameznik lahko postane tudi šibek, zardel ali omotičen kot posledica damping sindroma.
Med pogoste težave z želodčnim obvodom je tudi dehidracija. Po operaciji želodčnega obvoda mora večina ljudi piti veliko vode; zdravnik lahko predlaga, da bolniki po operaciji želodčnega obvoda spijejo približno 2 litra (67.62 unče) vode na dan. Če posameznik tega ne stori, lahko postane dehidriran, občuti slabost in bruha. V mnogih primerih slabost in bruhanje le poslabšata bolnikovo dehidracijo. Včasih lahko dehidracija po želodčnem obvodu postane tako resna, da je treba bolnika hospitalizirati in prejemati tekočine intravensko.
Prebavne motnje so tudi med najpogostejšimi težavami z želodčnim obvodom. Prebavne motnje se pojavijo, ko telo ne prebavi hrane pravilno ali ima težave pri tem. Povzroča tako neprijetne simptome, kot je občutek pekoče ali blage do hude bolečine v zgornjem delu trebuha. Poleg tega se nekateri ljudje počutijo siti, medtem ko še jejo, se počutijo preveč siti, ko so pojedli, postanejo napihnjeni ali se počutijo slabo, ko imajo prebavne motnje.
Nekateri bolniki lahko izgubijo tudi lase, ko so bili podvrženi operaciji želodčnega obvoda. To lahko pomeni le majhno izgubo las ali precejšnjo količino, odvisno od pacienta. To se običajno pojavi zaradi prehranske pomanjkljivosti, ki se razvije po operaciji. Lahko se pojavi tudi kot del telesne reakcije na hitro hujšanje, ki ga bolnik doživi po operaciji želodčnega obvoda. Mnogi bolniki ugotavljajo, da jemanje dodatkov pomaga pri tem neprijetnem učinku, večina ljudi pa vidi konec te težave nekaj mesecev po operaciji.