Najpogostejši problemi rastlin paradižnika so bolezni, žuželke in okoljska vprašanja. Gojenje paradižnika iz sadik paradižnika v zdrave rastline paradižnika zahteva razumevanje, katere težave lahko vplivajo na zelenjavni vrt in kako se izogniti škodljivcem paradižnika.
Bolezni so med težavami rastlin paradižnika najbolj frustrirajoče, ker pogosto ni zdravljenja. Uspešna pridelava paradižnika bo vključevala opazovanje rastlin od semen paradižnika do žetve. Glive, ki se prenašajo skozi zemljo, kot sta Fusarium in verticillium, poškodujejo stebla in povzročijo, da stebla obarvajo. Ko se steblo poškoduje, se hranila ne prenašajo v zgornji del rastline, zaradi česar rastlina ovene in odmre. Zdravljenja ni, zato je pomembno kupiti odporne sorte.
Druge vrste bolezni, ki lahko povzročijo težave pri rastlinah paradižnika, sta virus pegastega venenja paradižnika in virus tobačnega mozaika. Virus pegaste venenja paradižnika se širi s tripsom, ki povzroči nastanek rakov na paradižniku ter odmiranje listov in stebel. Ker ni zdravila, je treba okužene rastline odstraniti z vrta in jih zavreči. Virus tobačnega mozaika običajno širijo vrtnarji, ki kadijo ali so prišli v stik s tobakom. Da bi preprečili, naj si vrtnarji pred ravnanjem s kakršnimi koli rastlinami umijejo roke.
Žuželke prav tako prispevajo k težavam z rastlinami paradižnika bodisi s prenašanjem bolezni bodisi s prehranjevanjem rastlin. Rogasti črvi so vrsta gosenice, ki poje listje. Običajno so dolgi od tri do štiri centimetre in zlahka opazni. Pogosto je dovolj, da jih preprosto odstranite iz okužene rastline. Druga vrsta žuželk, ki poje liste, je bolha. Najboljši način, da se rastline znebite te žuželke, je, da liste obrišete z milnico.
Težave pri rastlinah paradižnika povzročajo tudi žuželke, ki sesajo sok, kot so listne uši in psilidi. Oboje se nahaja na spodnji strani listov, zaradi česar rastline zakrnejo. Če je okužba huda, paradižnik ne nastane. Da se okužene rastline znebite listnih uši ali psilidov, lahko uporabite insekticidno milo.
Okoljske težave so najpogostejše težave pri rastlinah paradižnika in jih je tudi najlažje nadzorovati. Končna gniloba cvetov, ki povzroči, da dno zorečih paradižnikov počrni, se skrči in gnije, je posledica nezadostnega kalcija med razvojem. Redno zalivanje rastline paradižnika in preprečevanje daljših sušnih obdobij običajno prepreči gnilobo na koncu cvetov.
Razpoke v rasti so še eno okoljsko vprašanje, ki ga je mogoče zlahka nadzorovati. Rastne razpoke lahko tvorijo krožni vzorec na vrhu paradižnika ali tvorijo globoke razpoke, ki potekajo navpično od stebla do osnove. Oboje je posledica začetnega prekomernega zalivanja ali obdobja močnega dežja, ki mu sledi pomanjkanje zalivanja, kar je povzročilo upočasnitev rasti rastline. Da bi to preprečili, je treba rastline redno zalivati in ne dovoliti, da bi se zalivali.