Po vazektomiji nekateri moški poročajo o pogostih težavah, kot so modrice v bližini mesta reza, oteklina in manjše nelagodje. Te težave pri vazektomiji so pričakovane in običajno trajajo le nekaj dni. V nekaterih primerih se lahko pojavijo resnejši zapleti, vključno z okužbo po operaciji.
Skoraj vsak bolnik bo v dneh ali tednih takoj po posegu imel nekaj težav z vazektomijo, vključno z modricami in otekanjem mod, pa tudi z bolečino in nelagodjem. Običajna praksa je, da zdravnik za lajšanje teh simptomov predpiše peroralno zdravilo proti bolečinam in morda tudi protivnetno zdravilo. Številni bolniki menijo, da je koristno, da za kratek čas nanesejo vrečko ledu na območje, da omejijo krvni obtok in lajšajo bolečino. Po vazektomiji se bolnikom običajno naroči, naj nemudoma obvestijo zdravnika, če se pojavijo resnejši zapleti vazektomije, kot je zvišana telesna temperatura ali nastanek grudic v modih.
Obstajajo tudi druge resnejše težave pri vazektomiji, ki se lahko pojavijo po operaciji, kot so zvišana telesna temperatura, okužba in stanje, znano kot granulomi semenčic, kar se nanaša na rezervno kopijo sperme v modih. V primeru katerega od teh stanj je pomembno, da bolnik čim prej poišče zdravniško pomoč pri svojem zdravniku. Povišano telesno temperaturo je najpogosteje mogoče zdraviti doma z zdravili brez recepta in počitkom, če pa je prisotna okužba, bo zdravnik želel pregledati območje in ustrezno ukrepati. Nenavadno je, da granulomi semenčic povzročajo težave in večina grudic se bo sama raztopila v enem letu.
Nekaj študij je predstavilo idejo o povezavi vazektomije in večjega tveganja za raka prostate pri bolnikih, ki se odločijo za ta postopek. Večina zdravstvenih delavcev meni, da ni povezave med vazektomijo in povečano stopnjo raka prostate. Priporočljivo je, da vsak moški redno obiskuje zdravnika za preglede prostate, da si zagotovi dobro zdravje.
Čeprav je redko, je neuspeh vazektomije problem za majhno število bolnikov. Vzrok za te vrste težav pri vazektomiji je pogosto neznan in tudi del razloga, zakaj se bolnikom svetuje, naj uporabljajo druge oblike kontracepcije v prvih treh mesecih po posegu. Dokler se pacientka drži zahtevanega urnika vzorčenja sperme, je to težavo mogoče rešiti, preden pride do nenačrtovane nosečnosti.