Zalivanje bonsajev je občutljiva umetnost. Žal, ni zanesljive metode za zalivanje bonsajov, ki bi ji lahko sledili standardno za zdrave rastline. Vsak bonsaj je drugačen, z edinstvenimi potrebami, ki se lahko razlikujejo glede na drevo, letni čas, lončnico in sam lonec. Če želite izvedeti več o preferencah določenega bonsaja, lahko traja nekaj poskusov in napak, mnogi strokovnjaki pa govorijo o gorju o bonsajih, ki so jih po nesreči ubili, ko so šele začeli.
Prva stvar, ki jo je treba upoštevati pri zalivanju bonsajev, so navedene potrebe drevesa po vodi. Nekatera drevesa imajo na primer raje suhe razmere, druga pa imajo radi vlažna tla ali pa želijo ostati vlažna z vlago pri relativno suhi prsti. Te potrebe postanejo še posebej zapletene v loncu, saj lahko drevo v naravi nadzoruje količino vpijanja vode tako, da ustrezno razširi svoje korenine in se prilagaja okolju. V lončku za bonsaj je drevo na milost in nemilost kultivatorju, kar pomeni, da morajo biti ljudje pri zalivanju bonsajev pozorni.
Splošno pravilo je, da se bonsaj zaliva vsakič, ko je drevo suho. Mnogi ljudje lahko ugotovijo, ali je bonsaj suh ali ne, samo če ga pogledamo, saj se bosta spremenili barva in tekstura tal. Vrtnarji lahko včasih ugotovijo tudi tako, da dvignejo lonec in občutijo spremembo teže; pri posameznikih z manj izkušnjami lahko prst zataknemo v zemljo, da ugotovimo, ali je zgornji del suh ali ne. Bonsaji se bodo sušili z različno hitrostjo, odvisno od relativne vlažnosti in temperature, zato ljudje ne bi smeli računati na zalivanje po urniku.
Če je rastlina suha, jo je najbolje zalivati zjutraj. Obstajajo različna priporočila glede načina zalivanja. Nekateri ljudje predlagajo, da bi zalivanje bonsajev potekalo v dvocikličnem sistemu. Med prvim krogom lahko vodo z zalivalko poškropite po loncu, dokler drenažne luknje ne začnejo pronicati. Nato je treba rastlino pustiti počivati 15 do 20 minut pred drugim zalivanjem. Drugi priporočajo, da se bonsaj zaliva trikrat, “enkrat za lonec, enkrat za zemljo in enkrat za drevo.” Ljudje bi morali upoštevati, kako se določen bonsaj prilagaja navadam namakanja, in se temu ustrezno prilagoditi. Nekatere rastline na primer radi zalivajo dvakrat na dan, druge pa lahko ostanejo brez vode teden dni ali več.
Med zalivanjem bonsajev je pomembno, da se izognete, da voda pride na liste in cvetove, saj lahko povzroči škodo, če se pojavlja rutinsko. Vendar pa rastline občasno cenijo, da jih zarosijo ali nežno škropijo, da odstranijo prah z listov.
Ko bonsaj ne dobi dovolj vode, se na njih nagibajo posušeni in porumeneli listi, cvetenje in olistanje pa se lahko zatre. Drevesa, ki dobijo preveč vode, se lahko povesijo, porumenijo ali porjavijo, in če dovolite, da se gniloba korenin, se lahko začnejo kotirati na stran. Skrb za bonsaj se lahko zaplete tudi s premikanjem lonca ali presajanjem; oba dogodka lahko šokirata drevo in povzročita, da se odzove z odpadanjem listov ali porumenelostjo.