Japonski vrtovi praznujejo po vsem svetu in so znani po svojem minimalističnem pristopu. Poleg nekaterih vrst rastlin se pogosto uporablja ideja o prostoru in praznini. Česa ni, je skoraj tako pomembno kot tisto, kar je. Če torej iščete rastline za japonski vrt, je treba ljudem najprej svetovati, naj svojega vrta ne napolnijo preveč. Nekaj rastlin, skrbno postavljenih, naredi veliko več kot tone rastlin, ki lahko zmanjšajo občutek miru, ki jih mnogi najdejo v takšnih vrtovih.
Včasih ljudje mislijo, da japonski vrt nima cvetočih rastlin. To vsekakor ni res in pogosto se uporabljajo številne vrste azaleje. Odvisno od regije lahko azaleje zagotavljajo čudovito zeleno listje skozi vse leto in imajo čudovite cvetove. Nekaj vrst azalej bo cvetelo dvakrat na leto, cvetovi pa so zelo dolgotrajni. Japonske perunike so še ena priljubljena rastlina, ki zagotavlja obsežno barvo. Tudi cvetoča ali okrasna kutina je dobra izbira, saj ponuja barvo sredi zime.
Različne vrste talne obloge so zelo pomembne na japonskem vrtu in glavna izbira je mah. Na izbiro je veliko različnih mahov. Druga sprejemljiva talna obloga lahko vključuje stvari, kot so otroške solze, mahu podobna rastlina z znano sposobnostjo širjenja in z zimzelenimi listi.
Nekatera cvetoča drevesa so lahko priljubljena na japonskih vrtovih. To lahko vključuje češnje in slive, pogosto okrasne sorte. Veliko se govori o češnjah in azijskih vrtovih, vendar jih vrtovi ne vključujejo. Druga cvetoča drevesa, ki bi jih vrtnarji lahko upoštevali, so krep mirta, čeprav je to verjetno eno najbolj neurejenih dreves, ki jih ljudje lahko izberejo, saj odvrže liste, cvetove in lubje v različnih letnih časih.
Nekatere najpomembnejše rastline na japonskem vrtu so različne vrste japonskih javorjev. Številne vrtnarske trgovine bodo imele veliko izbire in sort. Enako pomembni so iglavci, običajno manjši borovci, ki jih lahko po potrebi oblikujemo in obrezujemo. Priljubljeni so tudi veliki grmi, kot je bambus, drugi grmi, ki jih je treba upoštevati, pa lahko vključujejo rododendrone. Zelo veliki vrtovi lahko sprejmejo veliko večja drevesa, kot so vrbe, vendar se zaradi tega lahko majhen vrt zdi natrpan in preobremenjen.
Čeprav se kamniti vrtovi običajno obravnavajo kot ločeni od japonskih vrtov z rastlinami, je dobro, da si ogledate zasnovo vrtov, da vidite, kako se uporabljajo kamni in včasih manjše skale. Vse, od gramoza do večjih skal, je lahko del japonskega vrta. V načrtovalno shemo je mogoče vključiti tudi pešpoti in odskočne deske in jih je treba upoštevati.