Morebitno pomanjkanje preglednosti je tveganje za finančne institucije. Velik del svetovnih kapitalskih trgov se na neki točki premika po kanalih finančnih institucij, vključno z investicijskimi bankami in podjetji za upravljanje denarja, kot so hedge skladi in vzajemni skladi. Večja regulacija v določenih žepih finančnih storitev zmanjšuje raven tveganja, ki so mu izpostavljene banke in trgi. Če je banka tako velika in tako vplivna, da bi njen propad močno vplival na gospodarstvo, je tveganje v tovrstnih finančnih institucijah veliko. Možna izmenjava občutljivih informacij na neprimeren način je še en dejavnik tveganja, ki obdaja finančna podjetja.
Finančne institucije ustvarjajo številne sofisticirane instrumente, ki se vsak dan kupujejo in prodajajo na trgih. Z vrednostnimi papirji, kot so kreditni izvedeni finančni instrumenti, se pogosto trguje, da bi zaščitili druge izpostavljenosti in poleg strank zaslužili denar za banko. Glede na to, da lahko banka vlaga denar iz lastne bilance za povečanje dobička, ustvarjenega v podjetju, postane tveganje v finančnih institucijah večje zaradi možnosti slabih poslov ali nepričakovanih izgub. Ti primanjkljaji lahko sprožijo upad prihodkov, kar postane očitno v bilanci stanja – odraz finančnega zdravja institucije.
Drugo tveganje v finančnih institucijah obkroža možnost prekrivanja znotraj podjetja. Zlasti nekatere banke so tako velike, da se izvajajo različne funkcije, od finančne analize do dejavnosti investicijskega bančništva. Etične meje bi se lahko zlahka zabrisale, ko bo podjetje na primer s stranko koristilo na podlagi načina, kako javni vlagatelji obravnavajo delnico. Predpisi in industrijske prakse, kot je kitajski zid, so se razvile, da bi povzročile ločitev teh vlog, tako da je manjša nagnjenost ali verjetnost kakršnih koli nepravilnosti.
Obstajajo načini, s katerimi lahko finančne institucije zmanjšajo tveganje za podjetje in širše gospodarstvo. Nekatere finančne institucije so na primer tako velike in opravljajo tako velik obseg finančnih transakcij, da bi lahko vsak stečaj ali drug neuspeh predstavljal sistemsko tveganje za gospodarstvo. Regionalna ureditev, ki zahteva preglednost pri vrstah transakcij, ki jih izvajajo banke in druga finančna podjetja, in uporabljenih strategijah spodbuja manjšo stopnjo tveganja. Prav tako bolj ko najvišji direktorji, kot je glavni finančni direktor, in strokovnjaki za tveganja, kot je glavni pooblaščenec za skladnost, komunicirajo in usklajujejo cilje, večja je verjetnost, da se bo tveganje v finančnih institucijah zmanjšalo.