Odnos med prebavnim sistemom in prehrano je zelo pomemben. Redno uživanje zdrave, hranljive prehrane pomaga zagotoviti, da prebavni sistem pravilno deluje, od prebave hrane in predelave hranil za preostanek telesa do odstranjevanja odpadkov. Na splošno je najboljši način za zagotovitev skrbnega ravnovesja med prebavnim sistemom in prehrano jesti zdravo, uravnoteženo prehrano, sestavljeno iz mešanice sadja in zelenjave, pustih beljakovin in polnozrnatih žit. Ljudje z občutljivostjo na hrano ali alergijami lahko to povezavo zelo dobro razumejo, če uživanje določene hrane povzroči bolečino ali bolezen v prebavilih.
Za prebavni sistem in prehrano je pomemben tudi način prehranjevanja posameznika. Prehitro uživanje hrane in nedolgo žvečenje hrane, na primer, lahko telesu precej oteži prebavo celo zdrave hrane. To lahko pomeni, da se vsa hranila ne absorbirajo pravilno. Nutricionisti na splošno priporočajo, da se usedete in uživate v ležernem obroku, kadar koli je to mogoče. To običajno vključuje sedenje kje drugje kot pred televizorjem ter jemanje majhnih ugrizov in temeljito žvečenje. To bo zagotovilo boljšo prebavo in absorpcijo hranil ter lahko pozneje preprečilo zgago ali prebavne motnje.
Uravnotežena prehrana pa je največja sestavina prebavnega sistema in prehrane. Uživanje raznolike zdrave hrane zagotavlja, da ima telo vitamine in minerale, ki jih potrebuje za prebavo in predelavo hrane. Polnozrnata živila, pa tudi sadje in zelenjava, so prav tako obremenjena z vlakninami. To je zelo pomemben sestavni del prebavnega sistema, saj pomaga premikati odpadke po prebavilih in pomaga pri absorpciji vseh drugih hranil. Ko razmišljamo o prebavnem sistemu in prehrani, nekateri nutricionisti priporočajo jemanje probiotičnih dodatkov, kot je acidofil, ali samo uživanje jogurta; bodisi pomaga uravnotežiti »zdrave« bakterije v prebavnem traktu in pomaga pri prebavi.
Nekateri ljudje tudi ugotavljajo, da lahko povezava med prebavnim sistemom in prehrano povzroča težave. Uživanje nezdrave prehrane z veliko predelane hrane in nasičenih maščob lahko oteži prebavo. Občutljivost na hrano ali alergije, kot sta intoleranca za laktozo ali gluten, lahko povzročijo tudi bolečine, želodčne motnje in druge prebavne težave, zato nekateri ljudje menijo, da jih morajo popolnoma izključiti iz svoje prehrane. Pomembno je, da vsi vidijo povezavo med prebavnim sistemom in prehrano ter sprejmejo ukrepe za odpravo morebitnih dolgotrajnih težav, saj lahko stalne prebavne težave dejansko vodijo do podhranjenosti in bolezni.