Razmerje med Aspergerjevo boleznijo in prehrano se običajno pripisuje beljakovinam, kot sta gluten in kazein. Te beljakovine naj bi prinesle ali okrepile simptome Aspergerjevega sindroma. Mnogi posamezniki ali starši otrok z Aspergerjevo boleznijo verjamejo, da vidijo pozitiven učinek, če sprejmejo dieto brez glutena in kazeina.
Dr. Karl Ludwig Reichelt je bil prvi, ki je poročal o razmerju med Aspergerjevo boleznijo in načini prehranjevanja. Sprva je opazil, da ima veliko otrok z avtizmom, med katerimi so tudi tisti, ki se ukvarjajo z Aspergerjevim sindromom, tudi težave s prebavili, kot je celiakija, intoleranca za gluten. Dr. Reichelt zdaj uči, da bi bila idealna prehrana za tiste z avtizmom in Aspergerjevo boleznijo popolnoma brez glutena in kazeina.
Razmerje med Aspergerjevo boleznijo in dieto ni bilo temeljito raziskano, vendar mnogi starši poročajo o pozitivnih učinkih brezglutenske in kazeinske diete. Nekatere opazne spremembe vključujejo boljše razpoloženje, daljšo pozornost in boljši očesni stik. Mnogi starši poročajo, da njihovi otroci z Aspergerjevo boleznijo postanejo bolj neodvisni, ko spremenijo prehrano; lahko se hitro naučijo opravljati vsakodnevne naloge, ki so včasih vključevale pomoč staršev.
Prehrana brez glutena je v veliki meri sestavljena iz izogibanja pšeničnih izdelkov, vendar pšenica ni edina snov, na katero je treba biti pozoren. Tisti, ki si prizadevajo za dieto brez glutena, se bodo morali izogibati tudi ječmenu, rži in sladu. Običajno se ovsu izogibamo tudi zaradi nevarnosti navzkrižne kontaminacije. Kuhanje brez glutena pogosto vključuje uporabo alternativnih sestavin, kot je riževa moka.
Kazein lahko najdemo v mlečnih izdelkih, privrženci diete brez kazeina pa bodo ugotovili, da imajo lahko tudi mlečni izdelki brez laktoze majhne sledi mlečnih izdelkov. Kazein včasih imenujemo kalcijev kazeinat ali natrijev kazeinat. Branje nalepk lahko postane zelo pomembno za tiste, ki sledijo dieti brez kazeina ali brez glutena.
Obstaja nekaj polemik o tem, ali je razmerje med Aspergerjevo boleznijo in tem, kar oseba poje, izključno zdravljenje ali je lahko tudi vzrok za avtizem. Nekateri ljudje verjamejo, da lahko peptidi, ki nastanejo iz neprebavljenih beljakovin glutena in kazeina, povzročijo enake nevarnosti za zdravje in poškodbe možganov kot opiati, kot sta heroin ali morfij. Teoretizirajo, da lahko ta poškodba povzroči Aspergerjevo ali druge oblike avtizma. Drugi izpodbijajo to razmišljanje kot prezgodnje in trdijo, da niso bili opravljeni nobeni zadovoljivi znanstveni testi.
Nekateri v medicinski skupnosti se ne strinjajo, da sploh obstaja povezava med Aspergerjevo boleznijo in prehrano. Rekli bi, da gluten in kazein ne moreta zdraviti ali povzročiti avtizma. Dietam brez kazeina bi se lahko celo izognili mlajšim fantom, ki imajo koristi od mlečnih izdelkov in hkrati rastejo zdrave kosti. Fantje z Aspergerjevo boleznijo imajo včasih tanjše kosti kot njihovi vrstniki, pomanjkanje kalcija pa jih lahko dodatno ovira. Kakorkoli že, večina se strinja, da so potrebne nadaljnje študije za povezavo med Aspergerjevo boleznijo in prehrano.