Eden glavnih znakov intolerance za gluten pri otrocih je bolečina v trebuhu, ki pogosto povzroči zmanjšan apetit in bruhanje. Takšni simptomi pogosto povzročijo neuspeh pri rasti s primerno hitrostjo. Poleg tega lahko fizično nelagodje povzroči določene vedenjske težave, kot so razdražljivost, utrujenost in depresija. Simptomi intolerance na gluten pri otrocih običajno niso opaženi, dokler niso dovolj stari, da začnejo jesti hrano s to beljakovino, kot so kruh, mehki sir, žitarice, torte, peciva, testenine in predelano meso, če naštejemo le nekaj izdelkov.
Občutljivost na gluten, ki je beljakovina, ki jo najdemo v pšenici, ječmenu, rži in ovsu, pri otrocih ni vedno prepoznana, ker starši morda ne opazijo simptomov. Med primarnimi indikatorji intolerance na gluten pri otrocih je nelagodje v črevesnem traktu. Zmanjšan apetit je še en znak, verjetno zaradi prisotnosti krčev in bolečine v trebuhu, zaradi česar je težko sploh razmišljati o jedi. Bruhanje se pogosto pojavi, tudi ko otrok dejansko poje. Driska, plini in zaprtje so druge težave z želodcem, ki se pogosto pojavijo pri otrocih z intoleranco za gluten. Pravzaprav se pri otrocih, ki imajo intoleranco za gluten, lahko pojavijo zgaga, sindrom razdražljivega črevesja, refluks kisline in rektalna krvavitev, zato se jim je pametno izogibati živilom, ki povzročajo težave.
To nelagodje v trebuhu pogosto vodi do izgube teže ali vsaj nezmožnosti pravilnega pridobivanja teže. Otekel trebuh v kombinaciji z nenormalno tankimi nogami in rokami je lahko pogosto znak intolerance za gluten pri otrocih. To je zato, ker ne morejo pravilno absorbirati hranil in se običajno tako pogosto počutijo slabo, da ne jedo toliko ali tako pogosto, kot bi morali. Puberteta se pri otrocih z intoleranco na gluten pogosto zavleče tudi za več let, saj v letih, v katerih naj bi najbolj zrasli, ne morejo veliko jesti.
Toliko fizičnega nelagodja in nezmožnosti rasti lahko pogosto povzročita vedenjske spremembe pri prizadetih otrocih. Razdražljivost, utrujenost, nihanje razpoloženja in depresija se pogosto pojavljajo pri otrocih, ki zaradi intolerance na gluten ne morejo pravilno absorbirati hranil. Glavoboli, anemija in bolečine v sklepih običajno ne izboljšajo razpoloženja. Poleg tega otroci s to težavo običajno trpijo zaradi drugih manjših, a bolečih zdravstvenih težav, kot so razjede v ustih, ekcem na koži in težave z zobmi. Takšni simptomi so pričakovani in običajno prispevajo k vedenjskim spremembam, dokler otroku ne postavijo diagnoze intolerance na gluten in končno opustijo živila, ki povzročajo težavo.