Velika večina negativnih stranskih učinkov, povezanih s preveliko količino beljakovin, ima korenine v cirkulacijskem sistemu ledvic. Čeprav obstajajo tisti, ki oporekajo tem zdravstvenim zapletom, mnogi trdijo, da najprej presežek beljakovin, ki jih telo ne more absorbirati, povzroči povečano proizvodnjo sečnine v urinu, kar lahko vodi do različnih stranskih učinkov po vsem telesu. telo. Mehanizem za proizvodnjo urina v telesu so ledvice, zato lahko povečana delovna obremenitev poveča tveganje za ledvično bolezen in poslabšanje morebitnih že obstoječih težav z ledvicami. Bolj posredno lahko ta proces poveča tveganje za protin, pogosto uriniranje pa lahko posledično povzroči dehidracijo. Poleg tega se kalcij običajno izloča z urinom v povezavi s presežkom sečnine, nekateri raziskovalci pa trdijo, da lahko to poveča tveganje za osteoporozo in ledvične kamne.
Natančneje, razlog, zakaj preveč beljakovin vodi do višjih koncentracij sečnine v urinu, je v tem, da se presežek beljakovin izloči v jetra, kjer se animo kisline pretvorijo v druge uporabne molekule s postopkom, imenovanim deanimacija. Med procesom se dušik iz animo kislin najprej pretvori v amoniak, nato pa v sečnino v jetrih. Izločanje tega z urinom je naloga ledvic, vendar preveč beljakovin v prehrani predstavlja veliko obremenitev za te organe. Tistim, ki že imajo neko obliko ledvične bolezni, je najbolje, da ohranijo vnos beljakovin na stabilni ravni.
Protin je oblika vnetnega artritisa, za katero je značilno kopičenje sečne kisline v sklepih. Nekateri torej trdijo, da dosleden presežek beljakovin v telesu poveča tveganje za protin. Ledvice so običajno ključnega pomena pri izločanju sečne kisline iz telesa, vendar lahko dodatna delovna obremenitev, ki jim je naložena, poslabša to funkcijo.
Pogostejše uriniranje je očiten stranski učinek zgornjega biološkega procesa. Vsakič, ko posameznik urinira, da izloči odvečno sečnino, se neizogibno izloči tudi voda. Posledično lahko preveč beljakovin hitro povzroči dehidracijo, kar se lahko kaže s simptomi, kot so glavobol, mišični krči ali omotica.
Poleg tega presežne ravni sečnine, proizvedene med tem postopkom, običajno vodijo do nestabilne ravni pH. Raziskovalci so opazili povečane koncentracije kalcija v urinu tistih, ki imajo v prehrani preveč beljakovin, in nekateri verjamejo, da omenjeni kalcij obstaja za uravnavanje ravni pH. Čeprav obstaja nekaj sporov, lahko to predstavlja tveganje za osteoporozo, ker lahko telo v ta namen ponovno absorbira kalcij iz kosti. Nekateri verjamejo, da lahko povečan vnos kalcija to nadomesti. Poleg tega lahko višje koncentracije kalcija, ki kroži skozi ledvice, poveča tveganje za nastanek ledvičnih kamnov.