Učinki antibiotikov na menstruacijo niso povsem gotovi, čeprav so bile v preteklosti opravljene nekatere raziskave, s katerimi so poskušali ugotoviti, ali antibiotiki vplivajo na menstrualni ciklus. Mnoge ženske, ki jemljejo antibiotike, ne opazijo nobenih razlik v svojih menstrualnih ciklusih, druge ženske pa opazijo spremembe, za katere domnevajo, da so posledica uporabe antibiotikov. Možni učinki antibiotikov na menstruacijo morda niso povezani s samimi antibiotiki, temveč z okužbami, za zdravljenje katerih se uporabljajo antibiotiki. Nekatere ženske menijo, da antibiotiki povzročajo močnejše krvavitve, zapoznel začetek menstruacije in močnejše krče kot običajno, vendar bi te težave lahko povzročile okužbe, zlasti če okužbe vključujejo ženski reproduktivni sistem.
V poznih štiridesetih letih prejšnjega stoletja sta dva britanska medicinska specialista opravila študijo o učinkih penicilina, ki je vrsta antibiotika, na več žensk, da bi ugotovili, kako vpliva na njihove menstrualne cikluse, če sploh. Njihove ugotovitve niso bile prepričljive, čeprav je več žensk, ki so sodelovale v študiji, poročalo o nekaterih spremembah, vključno s hudimi krči in močnejšo krvavitvijo kot običajno. Nekatere ženske so opazile tudi razlike v tem, kdaj se je menstruacija začela in kako dolgo je trajala. Čeprav je veliko žensk opazilo razlike, je bilo veliko žensk, ki niso, zato študija morda ni razkrila veliko o učinkih antibiotikov na menstruacijo.
Obstaja več okužb, ki se pojavljajo v reproduktivnem sistemu, za zdravljenje katerih se lahko uporabljajo antibiotiki, in te okužbe lahko povzročijo spremembe v menstruaciji. Nekatere stvari, za katere se antibiotiki občasno uporabljajo pri ženskah, so vaginalne okužbe in okužbe maternice. Antibiotiki se občasno predpisujejo tudi za nekatere vrste glivičnih okužb. Ženske, ki opazijo spremembe v svojih menstrualnih ciklusih, ki imajo okužbe v svojem reproduktivnem sistemu, najverjetneje doživljajo spremembe zaradi narave svojih okužb in ne zaradi samih antibiotikov.
Čeprav so učinki antibiotikov na menstruacijo več kot verjetno povezani z različnimi vrstami okužb in ne z antibiotiki, je treba vse nenavadne spremembe obvestiti zdravnika. Vedno obstaja možnost, da lahko določeni antibiotiki povzročijo spremembe v telesu, ki lahko vplivajo na menstrualni ciklus. Če so spremembe v ciklusu zelo nenavadne in hude, vam bo morda lahko pomagal zdravnik. Če zdravnik sumi, da antibiotiki povzročajo težave z menstruacijo, bo verjetno poskušala najti drug antibiotik, ki bi ga predpisal, na katerega njena pacientka morda ni tako občutljiva.