Neželeni učinki zaviralcev protonske črpalke so na splošno blagi in se razlikujejo glede na specifično blagovno znamko, ki jo bolnik uporablja. Te vrste zdravil se pogosto jemljejo za zdravljenje simptomov gastroezofagealne refluksne bolezni (GERB), odvečne želodčne kisline, lahko pa pomagajo tudi pri preprečevanju ali zdravljenju želodčnih razjed. Delujejo tako, da zmanjšajo količino kisline v želodcu. Nekaj primerov zaviralcev protonske črpalke je omeprazol, esomeprazol in raberprazol.
Nekateri manjši stranski učinki zaviralcev protonske črpalke lahko vključujejo slabost, želodčne motnje in napenjanje. Lahko se pojavita bruhanje in driska ali pa se pri bolniku pojavi zaprtje. Nekateri zaviralci protonske črpalke lahko povzročijo tudi zvišano telesno temperaturo ali simptome prehlada, kot so vneto grlo, kihanje in izcedek iz nosu. Drugi bolniki so poročali o glavobolih, zaspanosti in suhih ustih. Če je kateri od teh neželenih učinkov vztrajen ali postane hujši, se morajo bolniki o tem posvetovati z zdravnikom, ki predpisuje zdravilo.
Nekateri bolniki imajo lahko alergijsko reakcijo na zaviralec protonske črpalke. To zahteva nujno medicinsko oskrbo in se lahko kaže z otekanjem grla, ustnic ali obraza. Dodatni znaki alergijske reakcije lahko vključujejo koprivnico, kožni izpuščaj in težave z dihanjem.
Drugi redki, a resni neželeni učinki zaviralcev protonske črpalke lahko vključujejo epileptične napade, sunkovite gibe mišic in občutek izjemno šibkosti ali šepanja. Pojavijo se lahko tudi mišični krči, hiter ali neenakomeren srčni utrip in občutek nervoze. Nekateri ljudje so poročali tudi o zmedenosti, omotici in kašlju, skupaj z občutkom zadušitve.
Bolniki morajo natančno upoštevati vsa navodila za odmerjanje, ker je možno preveliko odmerjanje teh zdravil. Nekateri možni neželeni učinki prevelikega odmerjanja zaviralcev protonske črpalke lahko vključujejo zamegljen vid, hiter srčni utrip in zaspanost. Lahko se pojavijo slabost, bruhanje in suha usta, skupaj z glavobolom in prekomernim znojenjem.
Tisti, ki jemljejo zaviralce protonske črpalke, se morajo zavedati, da lahko pri dolgotrajni uporabi ali velikih odmerkih to zdravilo poveča možnost zlomov, povezanih z osteoporozo. Tveganje za ta zaplet se na splošno poveča pri odraslih, starih 50 let ali več. Ti zlomi se lahko pojavijo zlasti v hrbtenici, kolku in zapestju.
Da bi zmanjšali tveganje za neželene učinke zaviralcev protonske črpalke, morajo bolniki razkriti svoja druga zdravstvena stanja, zdravila in dodatke. Ženske, ki so noseče ali dojijo, se morajo o tem pogovoriti s svojim zdravnikom. Jemanje teh zdravil je lahko nevarno, če ima bolnik bolečine v želodcu, pogoste bolečine v prsih ali slabost, skupaj z bruhanjem. Pojavijo se lahko interakcije z drugimi zdravili in dodatki, zlasti z zdravili za redčenje krvi, diuretiki in železom.