Neželeni učinki varfarina vključujejo krvavitev, nekrozo, zmanjšanje kostne gostote in sindrom vijoličnega prsta. Te neželene učinke pogosto povzroča interakcija varfarina z običajnimi zdravili in nekaterimi živili. Neželene učinke varfarina je treba skrbno spremljati, da zagotovimo, da je njegov odmerek ustrezen in varen. V zgodnjih fazah zdravljenja z varfarinom bodo morda potrebni dnevni testi bolnikove krvi. Primarni cilj tega testiranja je zagotoviti, da varfarin pri bolniku ne povzroča krvavitve.
Krvavitev je eden najpogostejših stranskih učinkov varfarina in se pojavi v do 2.7 odstotka primerov. Pred predpisovanjem varfarina mora zdravnik vedno pretehtati koristi in tveganja krvavitve. Posebni primeri krvavitev zaradi varfarina vključujejo modrice, izkašljevanje krvi, krvavitve iz nosu in krvav urin. Tveganje za krvavitev se še poveča, če se varfarin kombinira z nesteroidnimi protivnetnimi zdravili in zdravili proti trombocitom. Bolniki na hemodializi in starejši imajo pri jemanju varfarina večje tveganje za krvavitev.
Nekroza je eden redkih stranskih učinkov varfarina, ki prizadene predvsem kožo in okončine. Najverjetneje se pojavi pri bolnikih, ki jim primanjkuje proteina C, drugega antikoagulanta, ki potrebuje vitamin K. Varfarin sprva hitreje zniža raven proteina C v krvi, kot zmanjša faktorje strjevanja krvi. To lahko privede do velikih krvnih strdkov, kar lahko povzroči nekrozo in gangreno. Bolniki, pri katerih obstaja tveganje za nekrozo varfarina, običajno prejemajo heparin v povezavi z varfarinom.
Zmanjšanje kostne gostote, znano tudi kot osteoporoza, je lahko tudi eden od stranskih učinkov varfarina. Študija iz leta 1999, ki je vključevala 572 žensk, ki so jemale varfarin, je pokazala povečanje zlomov reber in vretenc. Druga študija moških iz leta 2006 je povezala uporabo varfarina vsaj eno leto s 60-odstotnim povečanjem tveganja za zlome kosti zaradi osteoporoze. Povečano tveganje za osteoporozo zaradi varfarina je lahko posledica potrebe po vitaminu K pri tvorbi nekaterih kostnih beljakovin.
Sindrom vijoličnega prsta na nogi je eden redkih stranskih učinkov varfarina. Primarni simptom je modro ali vijolično obarvanje, ki najbolj prizadene palec na nogi, lahko pa se pojavi tudi na drugih delih stopala. Sindrom vijoličnega prsta se običajno pojavi v osmih tednih po začetku zdravljenja z varfarinom. Verjeten vzrok za sindrom vijoličnega prsta je odlaganje holesterola v kožo stopal.