Obstaja več blagih možnih stranskih učinkov transfuzije trombocitov, vendar so hude reakcije na zdravljenje redke. Nekateri najpogostejši neželeni učinki transfuzije trombocitov so visoka temperatura, srbenje, izpuščaj in drgetanje. Številnim neželenim učinkom zdravljenja se je mogoče izogniti, če dajemo aferizirane trombocite. Ta vrsta trombocitov je bila filtrirana od elementov, za katere se domneva, da imajo največji potencial za škodo.
Da bi zmanjšali vpliv možnih stranskih učinkov, bolnike med prejemanjem transfuzije trombocitov skrbno spremljamo. Če ima bolnik med transfuzijo neželeno reakcijo, se zdravljenje prekine. Za zdravljenje simptomov reakcije se običajno dajejo tudi zdravila.
Učinkovitost transfuzij se lahko po več postopkih zmanjša – stanje, ki je splošno znano kot odporno na transfuzije. Obstajata dva glavna vzroka za to stanje: imunski in neimunski. Zmanjšanje učinkovitosti trombocitov zaradi imunosti je lahko posledica tega, da imunski sistem zavrača prihajajoče trombocite kot tuje predmete in jih uniči, preden lahko krožijo po telesu. Če se to zgodi, lahko zdravnik testira bolnikovo kri in poišče bližje ujemanje trombocitov v upanju, da bo našel transfuzijo, ki jo bo telo sprejelo. Neimunski vzroki za težave s sprejemom trombocitov vključujejo reakcijo na protiglivična zdravila, povečano vranico, ki ujame trombocite in jih zadrži iz krvnega obtoka, in nenormalno visoko temperaturo.
Transfuzije trombocitov se primarno daje bolnikom z nizkim številom zdravih trombocitov zaradi izgube krvi, krvavitve, pomanjkanja zadostne proizvodnje trombocitov ali poškodovanih trombocitov. Nekatera najpogostejša stanja, ki bi lahko zahtevala transfuzijo med zdravljenjem, vključujejo sindrom avtoimunske pomanjkljivosti (AIDS), multipli mielom, aplastično anemijo in udeležence pri presaditvi organov. Običajno jih dajejo tudi bolnikom, ki so vključeni v presaditev kostnega mozga ali kemoterapijo za zdravljenje levkemije.
V večini primerov je potrebnih več transfuzij trombocitov, da se število dvigne na ustrezno raven. Tipičen načrt zdravljenja bo sestavljen iz dveh transfuzij na teden. Običajno bo zdravnik lahko ugotovil, ali transfuzije delujejo in kdaj jih je mogoče ustaviti z merjenjem mladih trombocitov z RNA, znanih tudi kot mrežasti trombociti. Če se število teh vrst trombocitov povečuje, potem telo ponovno izdeluje svoje trombocite, namesto da bi bilo odvisno od transfuzij.