Neželeni učinki terapije s kisikom so redki in redki, lahko pa vključujejo bolečine v ušesih, raztrganje ušesnega bobniča in poškodbe sinusov. Bolečina ali nelagodje v ušesih je najpogostejši neželeni učinek, ki se pojavi, ko se telo skuša prilagoditi na terapijo. Ruptura ušesnega bobniča je bistveno manj pogosta, vendar se najverjetneje zgodi pri gluhih ali naglušnih ljudeh. Barotravma nosnih sinusov je še posebej redka in se zgodi iz razlogov, podobnih razpoku ušesnega bobniča. Na splošno je kisikova terapija varno zdravljenje z minimalnimi stranskimi učinki, če oseba nima zdravstvenih stanj, ki bi jih lahko poslabšala, čeprav je oprema za terapijo lahko nevarna.
Bolečine v ušesih so med najpogostejšimi stranskimi učinki terapije s kisikom. Bolečina se pojavi, ko telo poskuša izenačiti pritisk med ušesi. V nekaterih primerih je notranje uho zaradi nadnormalnega tlaka fizično poškodovano. Nekateri ljudje občutijo rahlo nelagodje in ne bolečino, vendar je treba na nelagodje vseeno opozoriti, saj lahko kaže na zaplet.
Gluhi in naglušni ljudje pogosteje doživijo nekatere vrste težav z ušesi kot stranske učinke kisikove terapije. Nekateri ljudje na primer doživijo razpok ušesnega bobniča. Popoke ušesnega bobniča lahko povzročijo nadaljnjo izgubo sluha in lahko traja en mesec, da se zaceli. V nekaterih primerih, če se bobnič ne zaceli sam, lahko zdravnik nanj namesti obliž kot ambulantni postopek.
Včasih oseba doživi barotravmo svojih sinusov. Barotravma je fizična rana, ki nastane v človeškem telesu zaradi razlike v zračnem tlaku. Nekateri podvodni potapljači so na primer izpostavljeni nevarnosti barotravme, če se potopijo pregloboko ali prehitro na plano. Čeprav je lahko barotravma zaradi nekaterih dejavnosti, kot je potapljanje, včasih usodna, pri kisikovi terapiji ni tako.
Nekatera zdravstvena stanja se lahko poslabšajo s kisikovo terapijo. Na primer, bolniki s srčnim infarktom in ljudje, ki trpijo za astmo, se morda ne odzovejo pozitivno na zdravljenje. Terapijo s kisikom pa še vedno raziskujejo in morda obstaja še veliko drugih stanj, na katere negativno vpliva.
Terapija s kisikom predstavlja nevarnost požara, ker zahteva koncentrirano oskrbo s kisikom. Če je stisnjen kisik izpostavljen iskram, lahko eksplodira in zažge okolico. Temu tveganju se je mogoče izogniti, če so sprožilni elementi oddaljeni od koncentriranega kisika. Kisik ne eksplodira sam in njegovo hlapnost je mogoče skrbno upravljati.