Izoflavoni naj bi imeli različne koristi, vendar imajo tudi nekaj stranskih učinkov, ki so lahko moteči in celo nevarni za tiste, ki jemljejo to snov. Nekateri stranski učinki izoflavonov prizadenejo predvsem ženske, saj so nosečnice in tiste, ki so se borile z rakom dojk, običajno najbolj izpostavljene negativnim učinkom. Vsako žensko pa lahko pri jemanju izoflavonov prizadenejo vročinski oblivi in povečanje telesne mase. Moški pa lahko med jemanjem izoflavonskih dodatkov opazijo zmanjšan libido, neplodnost in izgubo spomina. Drugi stranski učinki izoflavonov lahko prizadenejo tako ženske kot moške, pri čemer so driska, alergije na hrano in glavoboli nekatere najpogostejše težave.
Nekateri neželeni učinki so značilni za ženske, saj lahko izoflavoni vplivajo na hormonsko ravnovesje v ženskem telesu, kar vodi do nekaterih negativnih posledic. Na primer, tistim, ki imajo v preteklosti raka dojk, običajno odsvetujemo jemanje izoflavonov, ker lahko stimulirajo celice raka dojke, ki so morda že prisotne. Prav tako naj bi izoflavoni vplivali na zdravila za zdravljenje raka dojk, vendar se ženske, ki nimajo v anamnezi te vrste raka, običajno štejejo za varne pred tem možnim stranskim učinkom. Dodatna skrb je, da bi izoflavoni lahko škodovali nerojenim dojenčkom, ki potrebujejo posebno ravnovesje hormonov, da se pravilno razvijejo v maternici, zato nosečnicam običajno svetujemo, da preskočijo to vrsto prehranskih dopolnil. Vsaka ženska je dovzetna za povečanje telesne mase in vročine, ki jih lahko spremljajo izoflavoni, zato ženskam svetujemo, da zagotovijo, da so možne koristi večje od možnih stranskih učinkov.
Moški imajo lahko tudi nekatere stranske učinke izoflavonov, ki jih ženske morda ne dobijo, ker imata oba običajno različno hormonsko ravnovesje. Eden največjih stranskih učinkov pri moških je zmanjšan libido, saj lahko povečan estrogen povzroči znižanje ravni testosterona, kar lahko povzroči tudi neplodnost. Dodatni neželeni učinki za moške so lahko utrujenost, izguba spomina in zmanjšana kognitivna funkcija. Številne študije kažejo, da ženske ne občutijo teh stranskih učinkov izoflavonov, zato morajo moški na podlagi pozitivnih mnenj žensk to upoštevati, preden vzamejo to snov.
Nekateri stranski učinki izoflavonov prizadenejo moške in ženske. Nekateri ljudje med jemanjem sojinih izoflavonov postanejo zaprti, drugi pa imajo lahko drisko in želodčne težave. Glavoboli in občutek omotice so tudi nekateri negativni učinki izoflavonov. Možno je tudi, da ta snov povzroča ledvične kamne, alergije na hrano in težave s ščitnico, zato ljudem, ki se odločijo za jemanje izoflavonov, svetujemo, da pazijo na te neželene učinke.