Večina bolnikov, ki jemljejo beta sitosterol, ne bo imela nobenih stranskih učinkov. Drugi lahko doživijo blage neželene učinke, ki so običajno omejeni na nelagodje v prebavilih. Vendar pa lahko bolniki z nekaterimi že obstoječimi boleznimi doživijo resne neželene učinke, ki lahko povzročijo ali poslabšajo bolezni srca. Kot pri vsakem zdravilu je tudi alergijska reakcija eden od možnih stranskih učinkov beta sitosterola in zahteva takojšnjo zdravniško oskrbo.
Najpogostejši neželeni učinki prizadenejo bolnikov prebavni sistem in se običajno pojavijo le pri bolnikih, ki jemljejo več beta-sitosterola, kot priporočajo zdravniki. Ti učinki lahko vključujejo krče, prebavne motnje, prekomerno napenjanje in slabost. Bolniki lahko zaradi jemanja tega dodatka doživijo tudi zaprtje ali drisko. Bruhanje na splošno ni opaziti pri uporabi beta sitosterola, čeprav lahko bolniki, ki so nagnjeni k bruhanju, to storijo ob pojavu slabosti. Večinoma bolniki, ki imajo te možne neželene učinke, nimajo resnih težav in še naprej jemljejo dodatek, kot je predpisano.
Moški lahko doživijo tudi spolne stranske učinke beta sitosterola. Znano je, da ta dodatek zmanjšuje spolni nagon in povzroča erektilno disfunkcijo. Ti simptomi izginejo, ko bolnik preneha jemati beta sitosterol in na splošno niso razlog za zaskrbljenost, zlasti če bolnik jemlje ta dodatek le kratek čas.
Beta sitosterol lahko ogrozi tudi bolnikovo sposobnost, da absorbira vitamin E in karotene. Ti neželeni učinki beta sitosterola lahko povzročijo nevrološke težave ali dolgoročne zdravstvene zaplete. Oba možna učinka sta posledica pomanjkanja vitamina in ne samega beta-sitosterola in ju je mogoče popraviti z jemanjem dodatnih vitaminov E in A. Bolniki lahko uživajo tudi hrano, bogato s temi vitamini, da preprečijo pomanjkanje.
Redko se lahko pojavijo resne alergijske reakcije kot stranski učinki beta-sitosterola. Znaki alergijske reakcije vključujejo izpuščaj ali koprivnico, otekanje na obrazu ali v ustih, težko dihanje in spremembo srčnega utripa ali krvnega tlaka. Bolniki s temi simptomi morajo nemudoma obiskati zdravnika, da lahko zdravijo alergijsko reakcijo.
Možno je tudi, da imajo bolniki s sitosterolemijo neželene stranske učinke beta-sitosterola. Pri teh bolnikih lahko beta-sitosterol povzroči bolezni srca ali poslabša že obstoječe srčno stanje. To se zgodi, ker imajo bolniki s sitosterolemijo v telesu že preveč beta-sitosterola, ki lahko zamaši arterije in poškoduje srce.