Atkinsova dieta je z leti dobila tako močno podporo kot močno nasprotovanje. Nekatera nasprotovanja so posledica neprijetnih stranskih učinkov, ki jih imajo ljudje, ki so poskusili dieto. Nekateri pogostejši stranski učinki Atkinsove diete vključujejo glavobole, utrujenost in krče v nogah. Podporniki diete trdijo, da ti negativni stranski učinki diete na splošno ne trajajo dolgo in jih včasih odtehtajo pozitivni stranski učinki Atkinsove diete, kot je povečana energija.
Razvijalci Atkinsove diete priznavajo, da običajno med fazo uvajanja diete, ki je znana omejevalna začetna faza, nekateri ljudje občutijo glavobole, bolečine v mišicah in utrujenost. Te začasne stranske učinke Atkinsove diete pripisujejo pojavu, znanemu kot »odvzem ogljikovih hidratov«. Pogosta skrb je tudi zaprtje, verjetno zaradi pomanjkanja vnosa vlaknaste zelenjave. Priporočajo uporabo nadomestkov vlaknin med indukcijsko fazo, če postane zaprtje moteče.
Kratkoročni stranski učinki Atkinsove diete, nad katerimi se najpogosteje pritožujejo sami dietetiki, vključujejo vse tiste, ki jih Atkins uradno priznava, z dodatkom slabega zadaha, pomanjkanja telesne in duševne energije in vzdržljivosti ter izgube mišic. Krči v nogah in omotica so prav tako dokaj pogosti skrbi, ki so lahko dovolj zaskrbljujoče, da nekateri dietetiki na koncu prenehajo z dieto. Slab zadah pogosto pripisujejo izločanju ketonov, ki imajo neprijeten vonj, zmanjšano fizično in duševno energijo pa razlagajo s tem, da telo, predvsem pa možgani, raje kurijo ogljikove hidrate za čim bolj učinkovito delovanje goriva. Kljub dejstvu, da Atkins trdi, da večina teh neželenih učinkov izgine po začetni fazi uvajanja, mnogi dietetiki ugotovijo, da nekateri neprijetni stranski učinki vztrajajo skozi celoten potek diete ali pa ne morejo vzdržati stranskih učinkov dovolj dolgo, da bi preverili, ali težave bodo sčasoma izginile.
Nekateri dietetiki pa ostanejo na dieti dolgoročno in imajo več pozitivnih stranskih učinkov kot negativnih. Redno navedeni pozitivni učinki vključujejo povečano in ne zmanjšano energijo in nižji krvni tlak. Dolgotrajni negativni stranski učinki se lahko pojavijo pri nekaterih ljudeh zaradi omejenih vitaminov in mineralov v hrani, ki je prijazna Atkinsu. Poleg tega mnogi kritiki diete izražajo zaskrbljenost zaradi tega, koliko živalskih maščob in beljakovin se na tej dieti zaužije iz živalskih virov in ne rastlinskih virov, ki veljajo za bolj zdrave za srce. Znanstveni dokazi o dolgoročnih zdravstvenih koristih ali tveganjih Atkinsove diete so nekoliko protislovni in lahko vključujejo vse, od izboljšanega zdravja in kakovosti življenja do veliko večjega tveganja za srčne bolezni.