Najpogostejši neželeni učinki ablacije endometrija so zvišana telesna temperatura, krči in slabost takoj po operaciji. Prav tako ni nenavadno, da ženske, ki so podvržene temu postopku, občutijo utrujenost in pogosto uriniranje za kratek čas, običajno le nekaj dni, po operaciji ablacije. Bolnicam svetujemo, da je nosečnost po ablaciji endometrija malo verjetna, če pa do nje pride, obstaja veliko tveganje za spontani splav. Ablacija endometrija ali maternice se običajno izvaja pri ženskah z nepravilnimi menstrualnimi ciklusi, za katere je značilna nenavadno velika izguba krvi med ciklom. Operacija se pogosto izvaja pri bolnikih s stanji, kot je endometrioza, in se izvede šele po neuspešnem drugem bolj konzervativnem zdravljenju.
Postopek ablacije endometrija je zasnovan tako, da uniči tanko plast maternične sluznice, kar pogosto povzroči neplodnost. Po odstranitvi biološkega tkiva se menstrualni ciklus pacientke popolnoma ustavi ali pa se močno zmanjša resnost in količina izgubljene krvi. Na voljo je več metod ablacije, ki med drugim vključujejo zamrzovanje obloge, uporabo segrete tekočine in lasersko kirurgijo.
Večina bolnikov ima običajne stranske učinke ablacije endometrija, kot so bolečina, krči in slabost. V večini primerov so ti simptomi kratkotrajni in so pogosto prisotni približno štiri dni. Bolniki z ablacijo pogosto doživljajo zvišano telesno temperaturo, skupaj z občutkom utrujenosti. Mnoge ženske opazijo tanek, voden, krvav izcedek tudi v urah in dneh po operaciji. Tako kot drugi pogosti stranski učinki ablacije endometrija tudi ti učinki običajno niso dolgotrajni in bolnica hitro okreva.
Ženskam, priporočenim za ablacijo endometrija, zgodaj v postopku svetujemo, da bo ta postopek najverjetneje povzročil neplodnost, čeprav se nosečnost lahko pojavi redko. V primeru nosečnosti po ablaciji endometrija se večina nosečnosti spontano prekine ali splavi. Tudi v teh primerih je fizična nevarnost za žensko minimalna; vendar se večina zdravnikov ukvarja s čustvenim zdravjem pacienta. Zaradi tega nekateri zdravniki predlagajo, da bolniki z ablacijo uporabljajo nadomestne oblike kontracepcije, da preprečijo nosečnost po okrevanju po posegu.
Medtem ko se večina bolnikov po operaciji opomore z malo ali brez težav, obstajajo dokazi o resnejših stranskih učinkih ablacije endometrija. Bolnice so se pritoževale zaradi menstrualne bolečine zaradi krčev, utrujenosti in bolečin v hrbtu, ki se pojavijo mesece po posegu. Druga možna, a redka tveganja, možna pri ablaciji endometrija, vključujejo tudi okužbo po operaciji in dolgotrajno močno krvavitev.