Obstajajo različni zapleti operacije žolčnih kamnov. Ti zapleti spadajo v dve kategoriji: zapleti, ki se lahko pojavijo pri kateri koli operaciji, in zapleti, značilni za operacijo odstranjevanja žolčnih kamnov in žolčnika. V večini primerov so zapleti ozdravljivi. Zdravljenje zapletov zahteva ponovno hospitalizacijo in v večini primerov drugo operacijo. Napoved za okrevanje tudi po zapletih je še vedno pretežno pozitivna.
Operacija žolčnih kamnov se nanaša tako na odstranitev žolčnih kamnov kot na odstranitev samega žolčnika, organa, kjer nastajajo žolčni kamni. Ker lahko oseba živi brez žolčnika, se večina kirurgov odloči, da ga odstranijo, namesto da bi morali pozneje odstraniti nove žolčne kamne. Pri obeh operacijah se lahko pojavijo zapleti, a ker gre za bolj zapleteno operacijo, se po operaciji odstranitve žolčnika bolj razvijejo. Čeprav obstaja veliko specifičnih zapletov pri operaciji žolčnih kamnov, se vsi bolniki, ki so podvrženi operaciji, soočajo s podobnim tveganjem: okužbo.
Po operaciji se lahko pojavi okužba po operaciji. Ta trend se je v zadnjih letih povečal, saj so se v bolnišnicah po vsem svetu razvile bakterije, odporne na antibiotike, kot je MRSA. Del načrtovanja operacije žolčnih kamnov bi moral vključevati zahtevanje informacij od lokalnih bolnišnic o stopnji okužbe po operaciji. Tudi če se odločimo za čisto bolnišnico, postane preprečevanje okužbe odgovornost pacienta po odpustu. Pravilno čiščenje mesta reza in upoštevanje vseh drugih pravil, ki jih predpiše kirurg, je bistvenega pomena za preprečevanje okužbe.
Simptomi bolnišnične okužbe se običajno pojavijo, preden je bolnik odpuščen. Mesto reza postane rdeče in oteklo, bolnik pa lahko zviša temperaturo. Zdravnik bo bolnika takoj dal na antibiotike. Čeprav je večina bolnišničnih okužb ozdravljivih, ima prej omenjena MRSA stopnjo umrljivosti približno 10%. Če bolnik po vrnitvi domov začne kazati simptome okužbe, je njegova odgovornost, da o okužbi nemudoma obvesti svojega zdravnika. Čim hitrejši začetek zdravljenja poveča možnosti za popolno okrevanje brez trajnih stranskih učinkov.
Poleg okužbe so druga kategorija zapletov pri operaciji žolčnih kamnov tisti, ki se pojavijo zaradi narave operacije. Tako operacija žolčnih kamnov kot operacija odstranitve žolčnika predstavljata tveganje uhajanja žolča in poškodbe žolčevoda. Oba zapleta povzročita, da žolč, ki je običajno shranjen v žolčniku, izteče v tanko črevo ali trebušno slinavko, kar povzroči močno bolečino. Ti zapleti pri operaciji žolčnih kamnov so dokaj pogosti in brez dokončnega kirurškega zdravljenja je večina možnosti zdravljenja večinoma paliativnih.
Od vseh zapletov pri operaciji žolčnih kamnov je zdrs sponke najredkejši. Na koncu operacije odstranitve žolčnika kirurg namesti sponko na žolčni kanal, da prepreči uhajanje žolča. Če bi sponka zdrsnila z mesta, začne žolč uhajati in povzroči zgoraj opisane simptome. Za ponovno namestitev sponke na svoje mesto je potrebna druga operacija. Pacient lahko po okrevanju nadaljuje normalno življenje brez bolečin.