Čebelji cvetni prah je dobro znano naravno zdravilo in pogosta sestavina številnih vrst prehranskih dopolnil. Kljub njegovi priljubljenosti so nekateri zdravstveni delavci izrazili skepticizem glede njegove učinkovitosti in zaskrbljenost glede možnih stranskih učinkov čebeljega cvetnega prahu. Medtem ko so nekateri od teh neželenih učinkov, kot sta bolečina v želodcu ali slabost, sorazmerno blagi in se zlahka zdravijo, so drugi resnejši in zahtevajo nujno medicinsko oskrbo in celo hospitalizacijo. Najpogostejši neželeni učinki čebeljega cvetnega prahu so alergijske reakcije, za katere so značilni zamašen nos, otekanje obraza in težko dihanje. Mnogi strokovnjaki svarijo pred uporabo cvetnega prahu čebel med nosečnostjo, saj velja za maternični stimulans, ki lahko povzroči spontani splav ali prezgodnji porod.
Podjetja, ki prodajajo dodatke, sestavljena v glavnem ali delno iz čebeljega cvetnega prahu, pogosto trdijo, da se lahko čebelji cvetni prah uporablja za zagotavljanje energije, zdravljenje želodčnih težav in desenzibilizacijo uporabnikov pred običajnimi alergeni, kot je ambrozija. Nobena od teh trditev ni znanstveno dokazana, v nekaterih primerih pa so stranski učinki čebeljega cvetnega prahu enaki simptomom, ki jih uporabnik poskuša zdraviti. Čeprav je težko dokazati ali ovreči trditve, da cvetni prah daje človeku večji občutek energije ali dobrega počutja, so zdravstveni delavci močno podvomili v trditve trgovcev s čebeljim cvetnim prahom, da lahko čebelji cvetni prah pomaga preprečiti simptome alergije. Po mnenju skeptikov peroralno jemanje znanega alergena v upanju, da se zmanjša občutljivost na podobne alergene, ni posebej učinkovito in lahko naredi več škode kot koristi.
Čeprav so redki, so poročali o anafilaktičnem šoku, akutnem hepatitisu in odpovedi ledvic pri ljudeh, ki uporabljajo čebelji cvetni prah. Če se posameznik že zaveda, da trpi za alergijo na cvetni prah, je verjetno dobra previdnost pri uporabi čebeljega cvetnega prahu in se mora oseba pred uporabo katerega koli zdravila, ki vključuje čebelji cvetni prah, posvetovati z zdravnikom. Ker se čebelji cvetni prah tako pogosto uporablja v številnih zdravstvenih izdelkih, vključno s prehranskimi ploščicami, pijačami in losjoni, bi ljudem, ki so zaskrbljeni zaradi stranskih učinkov čebeljega cvetnega prahu, dobro prebrati oznake sestavin. Simptome alergijske reakcije na čebelji cvetni prah, kot so srbenje v grlu, piskanje ali otekanje, je treba pozorno spremljati. Če postanejo hude ali ima posameznik, ki trpi zaradi stranskih učinkov čebeljega cvetnega prahu, znane alergije, je treba nemudoma poiskati nujno zdravniško pomoč.