Glede na resnost motnje je za bolnike s prekomerno aktivnim avtonomnim živčnim sistemom na voljo več različnih možnosti zdravljenja. To stanje lahko povzroči druga motnja, kot sta alkoholizem ali sladkorna bolezen, in če je mogoče, lahko zdravljenje teh bolezni popolnoma pozdravi težave v avtonomnem živčnem sistemu. Za primere, ki se pojavijo spontano, ni zdravila, čeprav obstajajo spremembe življenjskega sloga in zdravila, ki lahko bolnikom pomagajo pri soočanju s škodljivimi učinki teh motenj. Vrsta uporabljenega zdravljenja je pogosto odvisna od resnosti simptomov.
V nekaterih primerih lahko bolnik razvije prekomerno aktiven avtonomni živčni sistem, ker ima drugo zdravstveno težavo. Znano je, da alkoholizem moti delovanje tega sistema in v takem primeru bi zdravljenje vključevalo opustitev alkohola in omogočilo telesu čas, da se pozdravi od škode, ki jo povzroči preveliko pitje. Bolniki s sladkorno boleznijo imajo lahko tudi težave z avtonomnim živčnim sistemom, in čeprav te bolezni ni mogoče pozdraviti, lahko z njenim dobrim upravljanjem odpravimo številne simptome. Nekatere vrste virusnih okužb lahko povzročijo tudi motnje avtonomnega živčnega sistema, ki lahko izzvenijo same od sebe, ko je okužba potlačena.
V mnogih primerih pa ni mogoče pozdraviti prekomerno aktivnega avtonomnega živčnega sistema. Bolniki z določenimi genetskimi motnjami; degenerativne bolezni, kot je Parkinsonova bolezen; ali poškodbe, ki so poškodovale dele možganov, ki nadzorujejo avtonomni živčni sistem, bodo morda morali obvladovati to motnjo vse življenje. V blagih primerih, ki prizadenejo bolnika le občasno ali le rahlo zvišajo krvni tlak in srčni utrip, lahko bolnik obvladuje simptome s tehnikami za zmanjševanje stresa. Ustrezna prehrana, visoka stopnja telesne pripravljenosti in pozitiven pogled na življenje lahko pomagajo pomiriti bolnika in zmanjšati pretok adrenalina, ki povzroči pretirano reakcijo sistema. V pomoč sta tudi globoko dihanje in meditacija, še posebej, ko bolnik trpi zaradi napada.
V hujših primerih bo morda potrebna uporaba zdravil ali druge medicinske intervencije. Nekatera zdravila se lahko uporabljajo za znižanje krvnega tlaka in srčnega utripa, medtem ko lahko druga pomagajo bolniku, da se počuti manj tesnobno. Kirurški posegi, ki omogočajo normalno bitje srca, so lahko na voljo tudi bolnikom s hudimi težavami, ki vplivajo na srčni ritem.