Možni so številni različni zapleti intubacije. Če bolniki potrebujejo nujno pomoč pri dihanju, jih običajno intubiramo tako, da se v usta vstavi dihalna cev, ki se nato prenese v sapnik; ta cev se pogosto imenuje endotrahealna cev. Po intubaciji lahko ventilator črpa zrak v pljuča in iz njih. Zapleti pri intubaciji lahko nastanejo zaradi postopka vstavljanja, saj lahko cevka poškoduje dihala ali prebavila. Bolniki, ki so intubirani, imajo povečano tveganje za okužbe, kot sta pljučnica in sinusitis, dolgotrajna podpora dihanju z endotrahealno cevko pa lahko povzroči poškodbe dihalnih poti, kar oteži dihanje v prihodnosti.
Sama vstavitev cevi lahko občasno poškoduje pacienta, ki je podvržen temu posegu. Redko lahko cevka poškoduje glasilke, kar vodi do težav pri govorjenju po odstranitvi bolnika iz ventilatorja. V drugih primerih lahko cev preide v požiralnik namesto v sapnik, kar vodi do solz v požiralniku. To lahko povzroči krvavitev v prebavilih in lahko povzroči tudi težave pri požiranju po odstranitvi dihalne cevi.
Sčasoma in ob nepravilni oskrbi intubiranih bolnikov lahko pride do okužbe pljuč, imenovane pljučnica. Pogosto to stanje, ki je eden od zapletov intubacije, imenujemo pljučnica, povezana z ventilatorjem. Ta vrsta okužbe se razvije, ker so pljuča intubiranih bolnikov manj zaščitena v primerjavi z ljudmi, ki dihajo normalno, ker se zrak črpa neposredno v pljuča. Velikokrat je te okužbe težko zdraviti, ker jih povzročajo odporne bakterije, prisotne v bolnišnici.
Drug od infekcijskih zapletov intubacije je sinusitis, stanje, za katero je značilno vnetje in draženje sinusov. Ta stranski učinek se pojavi, ker je drenaža sinusne votline pogosto motena zaradi prisotnosti endotrahealne cevi. Bolniki imajo lahko simptome te okužbe ali pa tudi ne. Vendar je klinično pomembno, ker lahko okužba sinusnih votlin povzroči zvišano telesno temperaturo. Za odkrivanje sinusitisa se izvajajo slikovne študije, kot je računalniška tomografija (CT).
Bolniki, ki morajo dalj časa ostati na ventilatorju, lahko doživijo druge zaplete intubacije. Prisotnost plastične cevi od ust do pljuč lahko poškoduje hrustanec, ki podpira dihalni trakt, in zmanjša njegovo strukturno celovitost. Različni deli dihalnih poti, vključno s sapnikom, se lahko zožijo zaradi prisotnosti cevi. Posledično lahko bolniki razvijejo piskanje in težko dihanje. Zaradi tega se bolniki, za katere se pričakuje, da bodo potrebovali pomoč pri dihanju več kot en teden, pogosto zamenjajo z intubacije skozi usta na intubacijo skozi sapnik.