Mnogi ljudje lahko uporabljajo zaviralce estrogena, ne da bi imeli pomembne stranske učinke, čeprav se je treba o vseh novih ali motečih simptomih, ki se pojavijo po začetku zdravljenja s to vrsto zdravil, pogovoriti z zdravnikom, ki ga predpisuje. Nekateri najpogostejši neželeni učinki teh snovi so omotica, slabost in vročinski utripi. Dodatni neželeni učinki teh zdravil lahko vključujejo povečanje telesne mase, nočno potenje in spremembe v izcedku iz nožnice. Resnejši stranski učinki zaviralcev estrogena, zlasti pri daljši uporabi, lahko vključujejo nastanek krvnih strdkov, alergijske reakcije ali povečano tveganje za razvoj raka na reproduktivnih organih.
Večina stranskih učinkov zaviralcev estrogena je relativno blagih in se lahko sčasoma zmanjšajo, ko se telo prilagaja zdravilu. Blaga omotica je pogosta pritožba, če pa ta simptom postane resen ali ga spremlja glavobol, se je treba posvetovati z zdravnikom za nadaljnjo oceno. Če se ob uporabi te vrste zdravil pojavi slabost, bo morda pomagalo pojesti obrok ali popiti kozarec mleka, preden vzamete zdravilo.
Ob jemanju zaviralcev estrogena se lahko pojavijo vročinski utripi, nočno znojenje in drugi simptomi, podobni menopavzi. Tisti, ki jemljejo ta zdravila, so poročali o bolečinah v kosteh ali mišicah, povečanju telesne mase in utrujenosti. Pri tistih, ki jemljejo to vrsto zdravila, lahko pride do povečanja ali zmanjšanja vaginalnih izločkov. Čeprav je večina teh simptomov blage narave, so včasih možne prilagoditve odmerka, če ti neželeni učinki postanejo še posebej moteči.
Dolgotrajna uporaba zaviralcev estrogena poveča tveganje za razvoj resnih stranskih učinkov ali potencialno smrtnih zapletov. Krvni strdki se lahko pojavijo kadar koli med zdravljenjem, vendar se tveganje pri dolgotrajni uporabi teh zdravil dramatično poveča. Pojavi se lahko tudi oblika izgube kostne mase, znana kot osteoporoza, ki vodi do večje možnosti za zlome. Zaviralci estrogena lahko povečajo tveganje za razvoj raka dojke, raka jajčnikov ali drugih vrst raka, ki prizadenejo reproduktivni sistem.
Alergijske reakcije na zaviralce estrogena so redke, čeprav so možne, tudi če so bila zdravila v preteklosti dobro prenašana. Blagi simptomi alergije lahko vključujejo blag kožni izpuščaj ali srbenje. Potencialno smrtno nevarna vrsta alergijske reakcije, znana kot anafilaksa, lahko povzroči simptome, kot so otekanje obraza ali grla, bolečine v prsih ali oteženo dihanje. Te simptome je treba obravnavati kot nujno medicinsko pomoč, pogosto pa je potreben sprejem v bolnišnico, da se stabilizira zdravje bolnika.