Najpogostejši od dolgotrajnih učinkov prednizona je, da lahko lajša simptome motnje, za katero je predpisana za zdravljenje, kot so alergijske reakcije, artritis in lupus. Poleg tega želenega učinka obstajajo tudi številni neželeni učinki, ki lahko negativno vplivajo na zdravje bolnika. Prednizon lahko vpliva na številne sisteme v telesu, vključno s kostmi, kožo, očmi, imunskim in prebavnim sistemom. Možnosti za razvoj resnega stanja se povečajo z dolgotrajno uporabo, čeprav večina bolnikov ne doživi nobenega od teh možnih učinkov.
Bolnikom z določenimi vnetnimi stanji se lahko prednizon predpiše. Pozitivni, dolgoročni učinki prednizona vključujejo zmanjšano vnetje in draženje v različnih delih telesa, vključno s pljuči, sklepi in kožo. To lahko lajša simptome številnih kroničnih stanj in daje človeku možnost, da se ozdravi.
Številni možni dolgoročni učinki prednizona negativno vplivajo na bolnikovo telo. Znano je, da to zdravilo vpliva na reproduktivni sistem moških in žensk. Pri ženskah lahko prednizon povzroči neredne menstruacije. Pri moških je bila impotenca povezana z dolgotrajno uporabo zdravila.
Obstajajo številni dolgoročni učinki jemanja prednizona, ki lahko poškodujejo tudi pacientove oči. Uporaba tega zdravila lahko povzroči katarakto ali glavkom. Če se ne zdravijo, lahko ta stanja povzročijo delno ali popolno slepoto, ki je nepopravljiva.
Prednizon ima tudi sposobnost, da vpliva na telesno kemijo, zaradi česar telo težko uravnovesi določene hormone. Prednizon lahko moti predvsem hipotalamus-hipofizno-nadledvično os. To je sistem, ki uravnava veliko stvari v telesu, vključno s prebavo, stresom, imunskim odzivom in razpoloženjem. Dolgotrajna uporaba prednizona lahko povzroči težave s sposobnostjo osebe, da uravnovesi te hormone, kar lahko nato povzroči težave v katerem koli od sistemov, ki jih ti hormoni uravnavajo.
Dolgotrajna uporaba prednizona lahko prizadene tudi bolnikov mišično-skeletni sistem. Lahko se pojavi mišična oslabelost, kot tudi tanjšanje kosti, ki vodi v osteoporozo in povečano tveganje za zlome. Veliko teh stanj je mogoče nadzorovati s prehranskimi dopolnili in drugimi zdravili. Pri otrocih je lahko eden od dolgoročnih učinkov prednizona upočasnjena rast, kar mora skrbno spremljati zdravnik.