Vetrna energija ima več pomanjkljivosti, ki jih je treba upoštevati pri iskanju možnosti za proizvodnjo energije. Pomembno se je zavedati, da čeprav obstaja nekaj izrazitih težav z uporabo vetrne energije, je ta še vedno zelo trajnostna in okolju prijazna metoda proizvodnje energije. Če je izbira med vetrno energijo in elektrarno na fosilna goriva, je vetrna energija zagotovo prava pot.
Ena od slabosti vetrne energije je, da ni oblika proizvodnje energije brez emisij. Številni viri se uporabljajo pri gradnji vetrnih turbin in sistema za distribucijo energije, medtem ko proizvodnja vetrne energije ne ustvarja emisij, so emisije vključene v vzdrževanje vetrnih elektrarn in drugih rutinskih opravil, ki obkrožajo vetrne elektrarne. Vendar pa so emisije, ki jih ustvarja vetrna energija, zagotovo minimalne v primerjavi z rutinskimi emisijami nečesa, kot je elektrarna na premog.
Vetrne elektrarne lahko požrejo tudi zemljo, ki bi jo lahko uporabili na druge načine, kar je ena večjih pomanjkljivosti vetrne energije. Nekatera podjetja so se začela ukvarjati s tem z gradnjo turbin, ki se lahko uporabljajo na kmetijah in v naseljenih skupnostih. Starejše turbine pa zahtevajo namenski prostor in morda bo potrebno veliko prostora za namestitev dovolj turbin za ustvarjanje uporabne količine energije. Vetrne turbine so tudi izjemno hrupne, kar pogosto vodi v pritožbe skupnosti, in lahko ogrozijo ptice selivke, ki so navajene na prostost v zraku.
Proizvodnja vetrne energije je omejena tudi z lokacijo. Območja z dosledno močnimi vetrovi so najboljša za vetrne elektrarne, zemljišča na teh območjih pa so lahko draga ali jih je težko zagotoviti. Vetrne elektrarne morajo biti nameščene tudi v razumni bližini območja, kjer se energija uporablja, da se zmanjšajo izgube v procesu prenosa energije. Tudi vetrne elektrarne morda niso vedno produktivne: prevladujoči vetrovi bi se lahko zamenjali, na primer, zaradi česar bi bile turbine neuporabne, kar je ena od slabosti vetrne energije v primerjavi z nečim, kot je hidroelektrarna, ki temelji na stalnih virih.
Nekateri tudi menijo, da vetrne elektrarne manjkajo na estetskem področju. Vetrne turbine niso prav vznemirljive na pogled, še posebej v veliki skupini, lokalne skupnosti pa pogosto nasprotujejo gradnji vetrnih elektrarn iz estetskih razlogov. Energetska podjetja morajo pogosto iti skozi zapleten postopek prijave za pridobitev dovoljenja za gradnjo, kar lahko zaplete gradbene načrte.
Ob upoštevanju vseh pomanjkljivosti vetrne energije obstaja nekaj izrazitih prednosti. Vetrna energija je brezplačna in uporaba vetrne energije nima enakega vpliva na okolje kot uporaba hidroenergije, kar vključuje zajezitev ali druge spremembe v naravnem okolju. Turbine same med obratovanjem ustvarjajo nič emisij, emisije, povezane z gradnjo in vzdrževanjem, pa je mogoče močno zmanjšati z gradnjo in delovanjem na okoljsko ozaveščeni način.