Medtem ko je uporaba javnega prevoza lahko odličen način za prihranek denarja med potovanjem, ima tudi številne pomanjkljivosti, ki se jih morajo potniki zavedati. Sem spadajo možne grožnje osebni varnosti, nepravilnosti pri načrtovanju in dejstvo, da je v nekaterih skupnostih množični prevoz omejeno pokrit in je na voljo v omejenih urah. Potniki, ki se nameravajo zanašati na javni prevoz, naj si vzamejo čas in se seznanijo s sistemi, ki so na voljo v krajih, kjer obiščejo, da bi se izognili težavam in nevarnostim. Preiskava pred potovanjem je še posebej pomembna za invalide, saj so nekateri sistemi javnega prevoza manj prilagodljivi kot drugi.
Glavni premislek potnikov bi moral biti, ali lahko dejansko pridejo do krajev, ki jih želijo obiskati z javnim prevozom. V nekaterih skupnostih so poti lahko zelo omejene, kar je lahko velika pomanjkljivost za popotnike, ki nimajo alternativnih načinov premikanja. Če potnik obišče kraj, kjer glavne znamenitosti ali možnosti nastanitve niso v bližini poti javnega prevoza, se bo morda moral pozanimati o storitvah zasebnega prevoza, kot so taksiji. Drugi premislek je, da storitve javnega prevoza ne delujejo vedno v večernih urah, praznikih ali ob vikendih. Če potnik biva na sorazmerno oddaljenem območju, lahko to povzroči velike težave, razen če si potnik ne more zagotoviti zasebnega prevoza.
Za mnoge popotnike je najpomembnejša pomanjkljivost javnega prevoza možnost napada ali ropa. V primerih, ko popotniki ne poznajo običajev ali jezika določenega kraja, so lahko še posebej izpostavljeni tarči kriminalcev. Turisti bodo morda želeli govoriti z lokalnimi vodniki ali zaposlenimi v hotelu o varnosti različnih možnosti javnega prevoza.
Čeprav je manj resna kot pomanjkanje pokritosti ali problem kriminala, nezanesljivost nekaterih sistemov ostaja ena pomembnejših pomanjkljivosti javnega prevoza. Različne vrste javnega prevoza so podvržene okvarjenemu delovanju opreme, pa tudi motnjam storitev, ki jih povzročijo izredne razmere in celo stavke delavcev. Te motnje lahko povzročijo težave turistom, ki so skrbno načrtovali svoje dnevne aktivnosti, le da ugotovijo, da imajo precejšnjo zamudo zaradi gradnje tira ali pokvarjenega vozila. V nekaterih primerih se lahko potniki izognejo potem, ki imajo težave, tako da preverijo stanje različnih železniških in avtobusnih prog na postajah ali v spletu.