Razlika med zdravili Armour® Thyroid in Synthroid® je v tem, da vsebujejo različne snovi za boj proti težavam s ščitnico. Med medicinsko skupnostjo poteka velika razprava o tem, katera snov je učinkovitejša, vendar je splošno soglasje, da se učinkovitost vsakega zdravila razlikuje od bolnika do bolnika. Armour® Thyroid in Synthroid® delujeta na relativno enak način, vendar Synthroid® vsebuje le enega od ščitničnih hormonov, ki so bistveni za normalno delovanje ščitnice. Ta hormon, T4, lahko telo predela v drugi esencialni hormon, T3. Če telo težko prenaša to sintezo ali če se zdi, da težko asimilira sintetično snov, je na voljo bolj naravna in popolna alternativa Armour® Thyroid.
Armour® Thyroid, bolj naravno od obeh zdravil, je narejen iz posušene ščitnice živali, najpogosteje prašiča. Vsebuje oba potrebna ščitnična hormona, T3 in T4, kar je koristno za bolnike, ki potrebujejo znaten dodatek obeh snovi. Zdravniki včasih oklevajo, da bi predpisali bolj naravno obliko zdravila, ker so nekatere študije pokazale, da količine potrebnih hormonov ni mogoče ustrezno izmeriti iz živalske ščitnice, v zameno pa bolnik morda ne dobi potrebnega odmerka snovi. Ker raziskave napredujejo na tem področju, pa se izkaže, da so te skrbi neupravičene, in Armour® Thyroid se daje številnim bolnikom, ker se zdi, da bolje prenašajo naravno snov kot tisto, ki je narejena izključno v laboratoriju.
Synthroid®, sintetizirana oblika hormona T4, ima eno veliko pomanjkljivost, ker ne vsebuje T3. To dejstvo spodbuja razpravo med Armour® Thyroid in Synthroid®. To pomanjkanje se pogosto nadomesti z jemanjem drugega ščitničnega dodatka, Cytomela, ki vsebuje izključno hormon T3. Synthroid® se daje samostojno, nato pa se najprej oceni njegova učinkovitost, saj lahko pacientovo telo pogosto uporabi T4 kot predhodnik za proizvodnjo ustreznih količin T3.
Časovni okvir za opazovanje, ki se uporablja za vsa zdravila za ščitnico, je približno šest tednov, saj je to čas, ki je potreben, da se telo prilagodi na dodano snov. Nekateri zdravniki raje predpisujejo Synthroid®, ker so lahko prepričani o odmerku snovi, saj je izdelana izključno v laboratoriju. Drugi dejavnik, ki ga je treba upoštevati pri izbiri režima za namestitev bolnika, je, kako se oseba na splošno počuti. Armour® Thyroid in Synthroid® imata prednosti in slabosti, vendar se zdi, da se večina bolnikov s ščitnico na splošno počuti bolje pri bolj naravni alternativi.