Obstaja nekaj razlik med sestavljenim in disekcijskim mikroskopom. Čeprav se vsako od teh orodij uporablja za povečavo predmeta, ki je postavljen na oder mikroskopa, se količina povečave, ki jo je mogoče doseči, med tema dvema napravama močno razlikuje. Prav tako so izdelane na različne načine, predvsem glede leč objektiva in očesnih delov.
Ena od glavnih razlik med sestavljenim in disekcijskim mikroskopom je povečava, ki jo je mogoče doseči z vsakim od teh orodij. Sestavljeni mikroskopi običajno lahko povečajo predmet za 400-krat, čeprav ni nenavadno, da najdemo sestavljen mikroskop, ki lahko predmet poveča za 1,000-krat. Po drugi strani pa secirajoči mikroskopi običajno povečajo predmet le za 40-krat ali manj.
Razlogi za te razlike v moči povečave so tudi ločevali sestavljeni in disekcijski mikroskop drug od drugega. Sestavljeni mikroskopi se običajno uporabljajo za ogled zelo majhnih, relativno tankih stvari, kot so celice. Disekcijski mikroskopi se uporabljajo za ogled večjih predmetov, ki imajo večjo stopnjo globine, kot so zrna cvetnega prahu. Kot pove že njihovo ime, se mikroskopi za seciranje običajno uporabljajo tudi za seciranje majhnih življenjskih oblik, kot so žuželke.
Sestavljeni in disekcijski mikroskopi uporabljajo tudi različne leče. Mikroskopi za seciranje imajo pogosto samo eno lečo objektiva, ki lahko omogoči, da se predmet poveča v določenem obsegu povečav, na primer 10 do 30 ali 20 do 40-krat. Na sestavljenem mikroskopu so tri objektivne leče: ena, ki omogoča, da se predmet vidi pri približno enaki povečavi kot pri disekcijskem mikroskopu, ena, ki poveča z največjo močjo, pogosto 400-krat, in ena vmes. Objektivi na sestavljenem mikroskopu so tudi veliko bližje odru kot na disekcijskem mikroskopu. Dodaten prostor med odrom in objektivom na disekcijskih mikroskopih daje gledalcu prostor za manipulacijo subjekta, medtem ko ga pregleduje.
Druga razlika med sestavljenim in disekcijskim mikroskopom je v tem, da je mikroskop za seciranje vedno izdelan z dvema očesoma, tako da lahko gledalec gledalec predmet gleda z obema očesoma. To omogoča ogled predmeta v treh dimenzijah. Po drugi strani pa so sestavljeni mikroskopi pogosto izdelani samo z enim okularjem. Čeprav obstajajo sestavljeni mikroskopi z dvema okularjema, gledalcu omogočajo, da vidi le tanko rezino subjekta, tudi če je tridimenzionalen, zato običajno zadostuje en sam okular.