Prokariontske in evkariontske celice sta dve osnovni obliki, ki jih celice lahko prevzamejo. Prokariontske celice tvorijo enocelične organizme, kot so bakterije in arheje, medtem ko so evkariontske celice osnova vseh drugih vrst življenja. V smislu evolucije Zemlje so bile prokariontske celice prve, kasneje pa so jih nadomestile njihove evkariontske celice.
Najbolj opazna razlika med celicami prokariontskih in evkariontskih celic je sposobnost slednjih, da tvorijo kompleksen organizem. Prokarioti so vsi enocelični organizmi, medtem ko evkarionti vključujejo rastline, glive in živali. Sposobnost združevanja in sodelovanja je omogočila evkariontom, da se razvijejo daleč od prokariotov.
Obe vrsti celic vsebujeta elemente, ki so si med seboj podobni. Obe vrsti sta organizmi na osnovi deoksiribonukleinske kisline (DNK), ki vsebujejo celično membrano, biček, citoplazmo in ribosome. Imajo isto vrsto DNK in isto vrsto genetske kode. Ena razlika je v tem, da je DNK prokariota krožna, medtem ko je evkariontska linearna. Evkariotska DNK se veže s histonskimi proteini in tvori kromosome, prokariontska DNK pa ne.
Najbolj opazna fiziološka razlika med prokariontskimi in evkariontskimi celicami je pomanjkanje pravega jedra pri prvih. Jedro vsebuje in obdeluje večino DNK evkariontske celice, njegova funkcija pa je nadzor celične aktivnosti. Jedro je v membrani, da ostane ločeno od preostale celice. Prokariot ima nukleoidno središče, kjer se zbira DNK, vendar ni ločilne membrane.
Notranje membrane so ponavljajoča se razlika med obema vrstama celic. Evkariontska celica je napolnjena z različnimi miniaturnimi organi, imenovanimi organeli. Ti membransko vezani elementi opravljajo posebne funkcije znotraj celice in se razlikujejo od celične citoplazme. Prokarioti ponavadi nimajo organelov, ločenih od citoplazme. Citoplazma je viskozna tekočina v celici.
Medtem ko imajo tako prokariontske kot evkariontske celice ribosome, so ribosomi v evkariontskih celicah večji in bolj razviti. Ribosomi uporabljajo aminokisline in ribonukleinsko kislino (RNA) za ustvarjanje beljakovin v celici. Prokariontski ribosom je sestavljen iz treh vrst ribosomske RNA (rRNA) in približno 50 vrst beljakovin. Evkariotski ribosom pa je sestavljen iz petih vrst rRNA in okoli 80 vrst beljakovin.
Evkariontske celice vsebujejo ločen organel, imenovan mitohondrij, in rastlinske celice imajo tudi organele, imenovane plastidi. Prokariontske celice nimajo ne enega ne drugega. Zdi se, da imajo mitohondriji in plastidi skupen izvor. Zdi se, da sta bila oba različna prokarionta, absorbirana v evkariontih v trajnem simbiotičnem razmerju.
Nekatere splošne razlike so zapletene zaradi izključitev. Na splošno se te celice razlikujejo po celičnih stenah. Čeprav jih imajo vsi prokarioti, večina evkariontov pa jih nima, obstajajo izjeme. Nekateri prokarioti so razvili primitivne organele, vendar jih na splošno ni.