Prenosni in namizni računalnik se razlikujeta tako po velikosti kot po funkcionalnosti. Prenosni računalnik je veliko manjši in zato pogosto bolj priročen za uporabo. Namizni računalnik je veliko večji in običajno traja veliko dlje kot prenosni računalnik, preden ga je treba popraviti ali zamenjati. Prenosni računalnik je pogosto samostojna enota in za njegovo delovanje niso potrebni dodatni deli. Uporabniki morajo pogosto kupiti monitorje in druge dodatke za upravljanje namiznega računalnika. Razlik v vrstah programske opreme, ki jih je mogoče zagnati na vsaki vrsti računalnika, je malo ali pa sploh ni.
Velikost je najbolj opazna razlika med prenosnim in namiznim računalnikom. Prenosni računalnik je en sam stroj, v katerem so trdi disk, diskovni pogon, monitor, brezžični modem, tipkovnica in miška, ki se zlahka zloži za shranjevanje v torbici. Edina dodatna oprema, ki je pogosto potrebna, je napajalni kabel s priloženim adapterjem. Namizni računalnik je sestavljen iz stolpa, ki je velika pravokotna škatla. Strojna oprema za računalniški sistem je v škatli. Zunanji monitor, tipkovnico, miško in brezžični usmerjevalnik je pogosto treba priključiti na osebni računalnik, da ga lahko v celoti upravljate.
Način, na katerega se napaja prenosni in namizni računalniški sistem, je še ena razlika. Prenosnik deluje na polnilno baterijo. Uporabnik mora pogosto priključiti prenosnik na vir napajanja, da napolni baterijo. Prenosnik se lahko uporablja le, dokler se baterija ne izprazni, takrat mora lastnik poiskati vir napajanja, da ga priključi. Namizni računalnik poganja neposredni vir napajanja. Ko lastnik najde primerno mesto za namestitev računalnika, ga vklopi v stensko vtičnico in pogosto ostane na istem mestu do konca uporabe.
Način vzdrževanja in nadgradnje prenosnega in namiznega računalnika je drugačen. Če želi lastnik nadgraditi svoj namizni računalnik, lahko z zelo malo tehničnega znanja namesti nov vir napajanja, grafično kartico, zvočno kartico, trdi disk, dodaten RAM ali drugo strojno opremo. To je pogosto mogoče storiti veliko ceneje kot strošek odvoza računalnika v servisno delavnico. Po drugi strani pa je prenosnik veliko težje nadgraditi. Večino notranje strojne opreme v prenosnem računalniku je pogosto težko dostopati, odstraniti in zamenjati. Zaradi tega so stroški za popravilo ali nadgradnjo prenosnega računalnika pogosto veliko dražji od opravljanja iste naloge na namizju.