Moški in ženski reproduktivni sistemi so se razvili za različne posebnosti, vendar za isti cilj: roditi otroke. Ves ženski reproduktivni sistem je znotraj telesa, medtem ko je velik del moškega zunaj telesa. Funkcionalna razlika med obema sistemoma je v tem, da je ženski zasnovan za nego otroka, medtem ko ta raste dovolj za preživetje na svetu, moški pa je sistem za dostavo sperme. Razlikujejo se tudi posamezne komponente sistemov.
Reproduktivni sistem pri ženskah je v celoti notranji, z izstopnimi in vhodnimi točkami v nožnici. Ena najbolj opaznih razlik med moškimi in ženskami so moški genitalije na zunanji strani telesa. Nižje temperature zunanjega okolja pomagajo ohranjati zdravo spermo in preprečujejo poškodbe zaradi ravni toplote v telesu.
Ženska ima ločene odprtine za urin ter za menstruacijo in spolni odnos, moški pa ima samo eno odprtino za izpust urina in semena. Čeprav se zunanji deli vagine med spolnim odnosom ponavadi zalijejo s krvjo, je moški penis precej bolj očitno povečan. To mu omogoča, da svoj penis uporabi iz funkcionalnih razlogov in ga vstavi v nožnico.
Tako moški kot ženski reproduktivni sistem proizvajata hormone, vendar se hormoni razlikujejo. Ženske proizvajajo višje ravni ženskih hormonov, kot je estrogen, moški pa imajo na primer več testosterona. Ti hormoni povzročajo široke učinke na telo, kot je razvoj sekundarnih spolnih značilnosti, kot so prsi ali široka ramena. Oba reproduktivna sistema začneta v puberteti proizvajati vse več hormonov.
Ženske imajo ob rojstvu jajčeca že shranjena v jajčnikih, jajčeca pa se sproščajo vsak mesec. Moški pa redno tvorijo nove sperme. Ženski reproduktivni sistem potrebuje mesečno obdobje za obnovo sluznice maternice, medtem ko moški sistem ne zahteva redne vzdrževanje na enak način.
Strukturno je ženski reproduktivni sistem območje za držanje in negovanje nerojenega otroka. Poleg tega je to prostor, kjer se lahko jajčeca ženske pomešajo z moško semenčico, da proizvedejo novega človeka, kar ženski omogoča, da nekatere svoje gene prenese na naslednjo generacijo, moškemu pa isto. Moški reproduktivni sistem ne vsebuje biološke opreme, ki bi lahko podpirala novega otroka. Namesto tega je sistem proizvodnje in dostave sperme.