Antibakterijski izdelki ponavadi zmanjšajo rast blažjih oblik bakterij, medtem ko protimikrobni izdelki preprečujejo rast širšega spektra bakterij, vključno s plesnijo. Čeprav so tako antibakterijski kot protimikrobni izdelki prevladujoči, je bolj verjetno, da bodo protimikrobne lastnosti vidne pri zdravilih na recept. Kemikalije, ki se uporabljajo za zmanjšanje in uničenje površinskih bakterij, se verjetno nahajajo v antibakterijskih izdelkih za umivanje rok in obraza brez recepta. Za razliko od protimikrobnih izdelkov ne preprečujejo rasti ali pojava bakterij.
Glavna razlika med antibakterijskimi in protimikrobnimi kemikalijami je njihova sposobnost preprečevanja razvoja bakterij. Na primer, antibakterijska mila običajno ubijejo blage do zmerne vrste bakterij, ki lahko pridejo v stik s površino kože. Po drugi strani se je izkazalo, da protimikrobna sredstva preprečujejo širjenje bakterij, ki lahko živijo in se razmnožujejo v človeškem telesu. Nekatere od teh vrst bakterij lahko prispevajo k razvoju bolezni in motenj, kot so vnetne akne.
Tako antibakterijska kot protimikrobna sredstva se lahko uporabljajo za odpor proti bakterijam, čeprav so običajno zasnovani tako, da se uprejo različnim bakterijskim sevom. Protimikrobne kemikalije se običajno uporabljajo pri razvoju antibiotikov na recept, kemoterapevtskih zdravljenj in protiglivičnih raztopin. Nasprotno pa je ena od glavnih uporab antibakterijskih sredstev preprečevanje širjenja klic, ki se lahko razvijejo v prehlad ali povzročijo površinske okužbe kože. Klorovo belilo je primer izdelka, ki vsebuje antibakterijske lastnosti in se pogosto uporablja za zmanjšanje količine površinskih bakterij, ki lahko obstajajo v kuhinjah in kopalnicah.
Ena od pomembnih razlik med antibakterijskimi in protimikrobnimi izdelki je, da protimikrobne kemikalije preprečujejo širjenje bakterij. Na primer, dokazano je, da protimikrobne kemikalije preprečujejo rast plesni, ki se nagiba k hitremu razmnoževanju in širjenju. Medtem ko lahko antibakterijski izdelki ubijejo obstoječe bakterije, jih je treba nenehno znova uporabljati ali ponovno uporabiti, da se znebite morebitnih obstoječih sevov. Protimikrobna sredstva ne samo da ubijejo obstoječe bakterije, ampak preprečijo razmnoževanje in širjenje sevov na druga področja.
Ponavljajoča uporaba antibakterijskih in protimikrobnih izdelkov lahko povzroči, da oseba postane odporna na lastno sposobnost boja proti okužbam. Zdi se, da je to bolj zaskrbljujoče pri nekaterih vrstah antibiotikov, ki se uporabljajo za zdravljenje blagih do zmernih okužb. Odpornost je lahko tudi težava z blagimi antibakterijskimi kemikalijami, ki se uporabljajo pri umivanju obraza in rok brez recepta. Nekatere vrste protimikrobnih kemikalij, kot je penicilin, so bile sposobne vzdržati sposobnost bakterij, da razvijejo odporne seve.