Provizije potovalnih agencij vključujejo pristojbine, ki jih plačajo potrošniki in sami potovalne agencije. Številne potovalne agencije strankam zaračunavajo pristojbine za izravnavo stroškov rezervacije potovalnih izdelkov, ki ne plačujejo provizije, pa tudi za čas in stroške izvajanja potovalnih raziskav ali komuniciranja s prodajalci za ureditev posebnih nastanitev. Poleg potrošniških pristojbin lahko potovalne agencije same plačujejo pristojbine v obliki deljenih provizij z agencijami gostiteljicami, članarine agencij gostiteljice ali franšiznih provizij. Agencije lahko tudi plačajo članarino in pristojbine za obdelavo kreditnih kartic profesionalnim potovalnim organizacijam.
V večini primerov bo potovalna agencija večino svojega dohodka zaslužila s provizijami, ki jih plačajo prodajalci potovalnih storitev, kot so hoteli in križarke. Nekateri ponudniki potovanj pa ne plačajo provizije potovalnemu agentu, če rezervira potovanje v imenu svoje stranke. Ker to predstavlja potencialno izgubo za agenta, mnogi potrošnikom zaračunavajo provizije potovalnih agencij za vsako rezervacijo brez naročila, ki jo mora opraviti potovalna agencija. Večina komercialnih letalskih družb na primer ne plačuje več provizij potovalnim agencijam, zato številne potovalne agencije zdaj za vsako rezervirano letalsko vozovnico zaračunajo majhno pristojbino.
Od mnogih potrošnikov se pričakuje, da bodo pri rezervaciji zelo zapletenih potovalnih aranžmajev plačali pristojbine potovalnih agencij, zlasti če aranžmaji zahtevajo pomembne raziskave s strani potovalne agencije. Nekateri popotniki se odločijo za obisk eksotičnih destinacij ali načrtujejo dolga potovanja na več različnih krajev. Ta vrsta potovanja lahko zahteva prizadevanja profesionalnega potovalnega agenta, da določi zahteve za vizum, rezervira kakovostno namestitev in poskrbi za lokalni prevoz. Ker to lahko zahteva več ur dela, bodo nekatere potovalne agencije zahtevale, da potrošniki plačajo pristojbine potovalnih agencij, da pokrijejo čas, porabljen za načrtovanje potovanja. Poleg tega se lahko pričakuje, da bodo stranke krile vse stroške, ki jih ima potovalna agencija med postopkom raziskovanja in rezervacije.
Potovalne agencije in potovalne agencije bodo morda morale plačati tudi različne vrste pristojbin. Neodvisne potovalne agencije pogosto sodelujejo z agencijo gostiteljico, ki zagotavlja tehnološko podporo, dostop do ponudnikov potovanj in kritje odgovornosti za posamezne agente. Zastopniki lahko svoji agenciji gostiteljici plačajo različne pristojbine, da pokrijejo stroške storitev, ki jih prejmejo. Od teh agentov se lahko zahteva tudi, da svoje provizije razdelijo z agencijo gostiteljico. Agencije se lahko same odločijo za sodelovanje v različnih programih poklicnega certificiranja ali izkoristijo storitve obdelave kreditnih kartic, ki jih ponujajo panožna združenja. V obeh primerih bo agencija plačala eno ali več vrst pristojbin organizaciji, ki opravlja te storitve.