Čeprav je primarna uporaba natrijevega pantoprazola pri zdravljenju razjed v prebavilih, so raziskave pokazale, da ima številne druge učinkovite uporabe. Drug način uporabe zdravila je pri zdravljenju gastroezofagealne refluksne bolezni, pa tudi erozivnega ezofagitisa, ki se pojavi predvsem, če se simptomi gastroezofagelne refluksne bolezni ne zdravijo. Poleg tega je bilo ugotovljeno, da to zdravilo olajša tiste, ki trpijo zaradi kroničnih bolezni, povezanih s prekomerno proizvodnjo želodčne kisline.
Ena najpogostejših uporab natrijevega pantoprazola je pri zdravljenju razjed v prebavilih. Ugotovljeno je bilo, da je natrijev pantoprazol učinkovit pri zdravljenju tega stanja zaradi svoje sposobnosti zmanjšanja želodčne kisline, s čimer razjedam omogoči daljši čas za celjenje. Poleg tega je bilo ugotovljeno, da je to zdravilo učinkovito pri preprečevanju nadaljnjih razjed na želodcu, zaradi česar je odlična izbira za posameznike, ki ne morejo biti podvrženi agresivnim oblikam zdravljenja bolezni.
Ugotovljeno je bilo tudi, da je natrijev pantoprazol zelo učinkovit pri zdravljenju bakterijskih okužb. Raziskave pa so pokazale, da je zdravilo najbolj učinkovito, če se uporablja pri zdravljenju okužb, povezanih z bakterijo Helicobacter pylori. V večini primerov se te okužbe pojavijo v prebavnem traktu in so precej resne, če jih ne zdravimo. Pogosto morajo bolniki, ki jim je predpisan natrijev pantoprazol za zdravljenje bakterijskih okužb, jemati tudi probiotike, da zagotovijo pravilno delovanje prebavnega trakta.
Tisti, ki jim je bila diagnosticirana refluksna bolezen gastroezofagela, sicer znana kot GERB, lahko dosežejo olajšanje tudi z uporabo natrijevega pantoprazola. GERB je stanje, pri katerem kisline iz želodca refluksirajo v požiralnik, kar povzroča zgago in druge boleče simptome. Če se GERB ne zdravi, lahko povzroči razvoj erozivnega ezofagitisa, ki je stanje, ko je bila sluznica požiralnika poškodovana zaradi ponavljajoče se izpostavljenosti želodčni kislini.
Ugotovljeno je bilo tudi, da je natrijev pantoprazol učinkovita oblika zdravljenja za tiste, ki trpijo za boleznimi, ki povzročajo prekomerno proizvodnjo želodčne kisline. V večini primerov lahko tisti, ki v ta namen uporabljajo natrijev pantoprazol, ostanejo na zdravilu dlje časa, če ne celo življenje. Običajno se tem bolnikom daje zelo majhen odmerek zdravila, da se prepreči kopičenje strupenih snovi.