Aktivno oglje se že stoletja uporablja za zdravljenje zdravstvenih tegob. Trenutno se uporaba aktivnega oglja razlikuje glede na to, ali ga odobrijo zdravniki ali izvajalci alternativne medicine. Izvedene so bile študije učinkovitosti zdravljenja z aktivnim ogljem in standardizirani odmerki za nekatere bolezni. Zdravstveni strokovnjaki pravijo, da je treba opraviti več raziskav, da bi potrdili dokaze o njegovi učinkovitosti pri drugih boleznih. Najbolj razširjena uporaba aktivnega oglja je za zdravljenje zastrupitev in prevelikih odmerkov.
Nekateri zdravniki zdravijo odrasle s peroralnimi odmerki odvajal z aktivnim ogljem, da hitro odstranijo strupe iz telesa; bolnike, ki prejemajo to zdravljenje, je treba skrbno spremljati glede driske. Večina zdravnikov ne uporablja odvajalnih pripravkov z ogljem pri otrocih zaradi nevarnosti neravnovesja elektrolitov. Aktivno oglje ni protistrup za vsa prevelika odmerjanja zdravil, je pa učinkovit za kinin, karbamazepin in fenobarbitale, med drugimi zdravili, ki so navedena v zdravstveni dokumentaciji. Aktivno oglje, ki se uporablja kot protistrup, absorbira organske kemikalije v želodcu, preden se kemikalije razširijo po telesu. Učinkovitost protistrupa pa je odvisna od količine zaužitega strupa in od tega, kako hitro je prejeta zdravniška pomoč.
Zdravniki alternativne medicine imajo aktivno oglje druge namene; nekateri ga uporabljajo kot splošno sredstvo za razstrupljanje pri zdravljenju rekreativne uporabe amfetamina in kokaina ali celo kot zdravilo za mačka pri uživanju alkohola. Poleg tega za tiste, ki imajo v svojih sistemih kopičenje toksinov zaradi izpostavljenosti kemikalijam in strupenim snovem pri delu, izvajalci uporabljajo aktivno oglje skupaj s posebnimi dietami in savnami za zdravljenje oslabljenega imunskega sistema. Druge uporabe aktivnega oglja vključujejo boj proti krvnim patogenom, kot so virusi, škodljive bakterije in sistemske okužbe.
Nadalje, bolj eksperimentalne medicinske uporabe aktivnega oglja ostajajo sporne. Ena od teh uporab je namenjena zmanjšanju pretoka žolča pri nosečnicah. Nekateri farmacevti in klinični tehnologi priporočajo njegovo uporabo za zmanjšanje črevesnih plinov. Drugi zdravstveni delavci celo verjamejo, da je aktivno oglje lahko učinkovito pri čiščenju krvi holesterola; dokazi v zgodnjih testih te uporabe peroralnega pripravka spojine niso bili prepričljivi.