Prirojene okvare pri Agent Orange lahko vključujejo okvare nevralne cevi, razcepljene ustnice in neba, dodatne števke in motnje v duševnem razvoju. Povzroča jih dioksin, ena ključnih sestavin te kemikalije. Velik del raziskav na to temo vključuje poročila vietnamskih veteranov in Vietnamcev, ki so bili izpostavljeni temu defoliantu med vietnamsko vojno. Letala so med vojno spustila velike količine herbicidov, da bi omejila razpoložljivo rastlinsko prevleko za vietnamske vojake.
Ko se nevralna cev, struktura, ki se pojavi zgodaj v razvoju ploda, ne uspe pravilno oblikovati, je posledica okvare nevralne cevi. Pogoji, kot sta spina bifida in ancefalija, pri katerih se možgani ne uspejo popolnoma oblikovati, so primeri teh prirojenih napak iz Agent Orange. Drugi otroci imajo lahko motnje v duševnem razvoju, ki lahko povzročijo različne stopnje okvare zaradi nenormalnosti v možganih. Razcep na ustnici in nebu se lahko pojavi tudi kot posledica težav z razvojem ploda. Ta stanja so lahko zahtevna in jih je težko zdraviti.
Nekatere prirojene okvare zaradi Agent Orange povzročijo, da bolniki razvijejo polidaktijo, kjer imajo dodatne prste na rokah in nogah. To je mogoče zdraviti s kirurškim posegom in morda ne povzroča trajnih težav. Pogoste so tudi kile, ki jih je mogoče zdraviti tudi s kirurškim posegom. Splav in mrtvorojenost sta tudi možna zapleta izpostavljenosti kemikalijam, ki jih povzročajo prirojene napake, ki so nezdružljive z življenjem. Zaskrbljeni starši lahko zaprosijo za zdravniško oceno po slabem izidu nosečnosti, da raziščejo možne vzroke.
Raziskave o prirojenih napakah iz Agent Orange kažejo, da se lahko pojavijo, ko je kateri od partnerjev izpostavljen kemikaliji. Moški imajo lahko po izpostavljenosti težave s spermo in lahko nosijo spermo z okvarami več tednov po izpostavljenosti. Ženske, ki pridejo v stik z zdravilom Agent Orange med nosečnostjo, imajo lahko otroke s prirojenimi napakami, odvisno od časa in intenzivnosti izpostavljenosti. Ta kemikalija lahko povzroči tudi kronične zdravstvene težave, ki lahko prispevajo k prirojenim napakam.
Mnoge od teh prirojenih nepravilnosti je mogoče diagnosticirati s prenatalnim pregledom, saj so vidne na ultrazvoku. V nekaterih primerih so lahko osebe s prirojenimi napakami iz Agent Orange upravičene do odškodnine ali pomoči vlade ali odškodninskega sklada delavcev, odvisno od okoliščin izpostavljenosti. Starši otrok s takšnimi prirojenimi napakami se lahko o možnostih pogovorijo s svojimi zdravniki. Odškodnina jim lahko pomaga pri plačilu operacije in drugih potreb za podporo otroka, zlasti če se zaradi izpostavljenosti agentu Orange pojavi kompleksna invalidnost, ki zahteva vseživljenjsko pomoč.