Freud in Jung sta si delila razmerje, ki je trajalo več desetletij, saj je Jung, mlajši partner, izvedel več o Freudovih teorijah nezavednega. Morda je na srečo moderne psihologije Jung pozneje zavrnil nekatere Freudove teorije in se nagnil k svoji metodi psihologije, ki jo je imenoval analitična. Oba moška sta črpala iz koncepta nezavednega kot načina razlage sanj, Jung pa je bolj črpal iz večplastnega koncepta podzavesti. Zanimivo je opazovati primarne razlike med Freudom in Jungom.
Glavni razkol, ki ločuje oba psihiatra, se nanaša na religijo. Freud je menil, da je religija pobeg in zmota, ki je ne bi smeli propagirati. Njegov odnos do religije spominja na odnos Karla Marxa. Religija je bila »opija« za množice. Njegova vera je bila v celoti v zmožnosti uma, da dostopa do svojih nezavednih misli in tako ozdravi vse nevroze.
Jung je nasprotno verjel, da je religija pomembno mesto varnosti za posameznika, ko je začel proces individuacije, raziskovanja in sprejemanja vseh delov jaza. Religija je bila nadalje sredstvo komunikacije med vsemi vrstami ljudi, ker čeprav so se vere razlikovale, so arhetipi in simboli ostali enaki.
Jung ni izvajal tradicionalne krščanske religije, temveč se je nagibal k raziskovanju okultizma. V nekaterih Freudovih pismih Junga obtožuje antisemitizem, ki ne temelji toliko na sprejemanju judovstva kot vere, temveč na diskriminaciji Judov na splošno. Vendar je bilo Jungovo spoštovanje do verskih vidikov judovskega življenja večje od Freudovega.
Freud in Jung se nista strinjala glede tega, kaj je nezavedno. Freud je na nezavedno gledal kot na zbirko podob, misli in izkušenj, ki jih posameznik ni hotel obdelati, kar vodi v nevroze. Jung je k tej definiciji dodal, da ima vsak posameznik tudi kolektivno nezavedno, skupino skupnih podob in arhetipov, ki so skupni vsem ljudem. Ti so pogosto izbruhnili na površje osebnega nezavednega. Sanje bi bilo mogoče bolje razlagati z razumevanjem simbolnih referenčnih točk univerzalno skupnih simbolov.
Freud je verjel, da je glavna gonilna sila moških in ženskih dejavnosti potlačena ali izražena spolnost. Neizpolnjena spolnost je privedla do patoloških stanj. Jung je verjel, da je seks le ena od mnogih stvari, ki poganjajo ljudi. Še pomembneje je, da ljudi vodi njihova potreba po individualizaciji, celovitosti ali popolnem spoznanju sebe. Številna čustva spodbujajo ljudi, da delujejo na psihološko nezdrave načine, a vsi ti načini so bili hrepenenje po želji po občutku popolnosti.
Za Freuda je bilo nezavedno skladišče za vse potlačene spolne želje, kar je povzročilo patološko ali duševno bolezen. Le z razgaljanjem nezavednega bi lahko človek odkril, kako živeti srečno in si opomore od duševne bolezni. Jung je nasprotno menil, da se nezavedno pogosto samo po sebi trudi za celovitost in da duševna bolezen ni patologija, temveč nezavedna regulacija čustev in shranjenih izkušenj, ki se nagibajo k individualizaciji.
Cilj terapevta je bil po Jungu pomagati osebi prepoznati delo nezavednega in s tem pomagati pacientu razumeti, kako bolje težiti k individuaciji, ki bi ustvarila »celotno« osebo.
Medtem ko se Freud nagiba k zelo mojstrskemu načinu vdora v nezavedno, da bi ga razgalili potlačenih občutkov, je Jungova pot bolj v skladu s poznejšimi humanističnimi psihologi. Navdihuje celostno gestalt šolo in kasneje terapevtske šole.
Ideja o nezavednem je na splošno skoraj splošno sprejeta, vendar niti Freud niti Jung nista menila, da je po razlagi potrebno nadaljnje terapevtsko delo. Kasnejše psihoanalitične šole, kot so tiste, ki postavljajo vedenjske spremembe, so se izkazale za uspešnejše pri zdravljenju duševnih bolezni. Ko razumemo temeljna čustva, je delo v tem, da pomagamo zanikati te občutke in jih nadomestiti z bolj pozitivnimi mislimi. Freud in Jung sta to delo prezrla. A obema teoretikoma smo hvaležni za prispevek k psihiatriji. Pravzaprav so zaslužni za začetek področja psihiatrije.