S polnozrnato pšenico so povezane številne prednosti, nekatere so prehranske, nekatere pa se ukvarjajo s postopkom kuhanja. Veliko naravno prisotnih hranil v pšenici je v otrobih in kalčkih pšeničnih jagod, ki so deli, ki se odstranijo, ko se pšenica predela v belo moko in druge izdelke. Z uporabo polnozrnate pšenice se poveča količina magnezija, mangana in vlaknin, ki lahko skupaj pomagajo telesu pri učinkovitejšem delovanju, zmanjšajo tveganje za nekatere bolezni in izboljšajo prebavo. Nekateri proizvajalci so ugotovili, da uporaba polnozrnate pšenice koristi tudi njihovim proizvodnim linijam, saj je bolj trpežna in jo je mogoče enostavno mešati, meriti in spremljati od žetve do končnega izdelka, za razliko od nekaterih bolj predelanih mok.
Eden od ključnih načinov, kako lahko polnozrnata pšenica koristi telesu, je način, kako se prebavi. Kalčki in otrobi se zaužijejo, zato telo pšenico prebavlja počasneje, kot bi, če jih ne bi vključili. To omogoča, da se pšenica pretvori v sladkorje počasneje in naravno, kot bi se zgodilo pri predelani, fino zmleti beli moki iz endosperma pšenice. Zmanjšanje hitrosti prebave lahko pomaga preprečiti skoke krvnega sladkorja, ki lahko povzročijo neželene učinke. To tudi pomeni, da se bo oseba, ki je zaužila polnozrnato pšenico, dlje časa počutila sito, kar bo pomagalo ohranjati zdravo telesno težo.
Magnezij, ki ga vsebuje polnozrnata pšenica, lahko pomaga preprečiti težave s proizvodnjo inzulina in morda zmanjša tveganje za razvoj sladkorne bolezni tipa 2. Izkazalo se je tudi, da uživanje polnozrnate pšenice zmanjša tveganje za bolezni srca in raka dojke. Nekateri elementi v polnozrnati pšenici, kot so različne vrste kislin v otrobih, imajo antioksidante in druge lastnosti, ki se lahko borijo proti okužbam in boleznim ter na splošno ugodno vplivajo na telo, če jih zaužijemo v ustreznih količinah kot del zdrave prehrane.
Nekatera podjetja, ki proizvajajo komercialne pekovske izdelke, so ugotovila, da lahko z uporabo polnozrnate pšenice bolje spremljajo in nadzorujejo svoje dobave žita od vira do proizvodnje. Zrno lahko prenese tudi nekatere tehnike predelave z ugodnejšimi rezultati kot pločevinka za predelano belo moko. Povezane koristi za zdravje pomenijo tudi, da nekateri proizvajalci menijo, da je koristno oglaševati uporabo polnozrnatih žit v svojih živilih, da bi pritegnili potrošnike.