Medtem ko je kovinska flavta običajno najbolj priljubljena vrsta, ima lesena flavta nekaj prednosti, zato nekateri glasbeniki raje uporabljajo to vrsto. Lesene piščali so na primer znane po tem, da ustvarjajo bogatejši in močnejši zvok kot kovinske piščali, zaradi česar so še posebej priljubljene pri igranju narodnozabavne glasbe. Poleg tega so precej redki, kar pomeni, da bodo tisti, ki se odločijo za ta instrument, verjetno ustvarili edinstven zvok. Ta vrsta flavte ima tudi nekaj pomanjkljivosti, vključno z dejstvom, da je za njeno igranje potrebno več moči, vendar je to mogoče odpraviti z rahlo redčenjem lesa.
Zvok, ki ga proizvaja lesena flavta, je bolj trden kot kovinski tip, pogosto pa ima tudi zemeljski ton. Zaradi tega je običajno bolj primeren za tradicionalno ljudsko glasbo kot za koncertne orkestre. Kadar je močan zvok pomembnejši od širokega razpona, je morda najboljša lesena flavta. Nastali zvok je pogosto edinstven, kar glasbeniku pomaga, da izstopa med igranjem.
Druga prednost lesenih piščali je, da so redkejše od kovinskih. Zaradi tega so privlačni za tiste, ki zbirajo neobičajne inštrumente, saj lahko lepo dopolnijo zbirko. To še posebej velja za žlebove, izdelane iz lesa, ki je bil razcepljen, v nasprotju z žaganim, saj se lahko z rezanjem lesa znebite napak, tako da je manj verjetno, da bo material v prihodnosti počil. Piščali, izdelane iz cepanega lesa, so ponavadi redkejše in dražje, vendar tudi običajno trajajo dlje kot žagane iz hlodov.
Ena od glavnih pomanjkljivosti lesene piščali je, da na splošno potrebuje več mišic za pihanje vanjo kot kovinska flavta. To pomeni, da se morajo glasbeniki pri igranju pogosto bolj potruditi; zaradi tega se lažje utrudijo, zato ne morejo dolgo igrati inštrumenta. Poleg tega običajno ne morejo proizvesti lahkega, zračnega zvoka, kot bi ga lahko na kovinski flavti, ker morajo močno pihati v flavto, da ustvarijo kakršno koli glasbo. Obstajajo pa lesene piščali s tanjšim telesom in glasbeniki lahko pri igranju na ta instrument porabijo manj energije. To je morda najboljša možnost za tiste, ki želijo zemeljsko kakovost zvoka lesene flavte, ne da bi se med pesmimi hitro utrudili.