Sistem z več zvočnimi karticami v računalniku lahko računalniškemu zvočnemu sistemu zagotovi vsestranskost in nadzor, vendar lahko ta vrsta nastavitve povzroči tudi nekaj težav. Zmogljive zvočne kartice so lahko obsežne in ovirajo hlajenje druge strojne opreme ali računalnika. Včasih je sistem z več zvočnimi karticami lahko zmeden za osnovne uporabnike, zato morda ni dobra ideja za domove, kjer si uporabniki z različnimi računalniškimi spretnostmi delijo en računalnik. Odvisno od programske opreme, ki izvaja zvok, lahko več zvočnih kartic oteži ali oteži preklapljanje izhodnih virov zvoka.
Eden od pozitivnih vidikov nastavitve več zvočnih kartic je zmožnost predvajanja dveh zvočnih virov v različnih zvočnikih hkrati. To je običajno mogoče storiti samo s programsko opremo, zasnovano z možnostjo zagona več zvočnih kartic iz programske opreme. V domačem računalniškem medijskem centru lahko sistem z več zvočnimi karticami pomeni, da lahko ena oseba gleda film z zvokom v slušalkah, medtem ko nekdo drug posluša glasbo na zvočnikih v sobi. Pri računalnikih z več monitorji lahko dva zvočna izhodna kanala omogočita dvema uporabnikoma gledanje različnih filmov hkrati.
Pomanjkljivost več zvočnih kartic v računalniku je proces preklapljanja med zvočnimi karticami. Če uporabnik posluša zvok prek ene zvočne kartice in želi poslušati zvok prek druge zvočne kartice, mora v številnih medijskih programih programske opreme zapreti program, spremeniti izhod zvočne kartice na nadzorni plošči računalnika in znova zagnati medijski program. To je še posebej pogosto pri predvajanju videa ali zvoka prek spletnega brskalnika.
Druga pomanjkljivost več zvočnih kartic je, da lahko njihova prisotnost povzroči gnečo v računalniku ali obremenitev delovne postaje. Poleg prostora, ki ga zavzamejo same zvočne kartice, ima vsaka zvočna enota komplet slušalk ali izhodnih zvočnikov, ki prav tako zavzamejo prostor. Profesionalni zvočni inženirji pogosto uporabljajo stojala ali police za organizacijo zvočne opreme, ki je pritrjena na nastavitev snemanja več zvočnih kartic.
Vsaka vrsta sistema z več zvočnimi karticami ima svoje težave s prostorom. Zunanje zvočne kartice zavzamejo prostor na mizi in imajo okorne kable, ki lahko obremenjujejo delovno postajo. Notranje nameščene zvočne kartice zavzamejo prostor in proizvajajo toploto, zaradi česar je večja verjetnost, da se bo računalnik segrel. Za spopadanje s to težavo se nekateri uporabniki odločijo za večje in prostornejše ohišje računalnika, medtem ko se nekateri morda odločijo za namestitev naprednega hladilnega sistema za boljše odvajanje toplote iz ohišja.
V nekaterih primerih je nastavitev več zvočnih kartic neizogibna. Nekateri računalniki imajo zvočne kartice, vgrajene v matično ploščo računalnika. Matična plošča je glavni nabor čipov v računalniku, ki vsebuje procesorski čip. Ko uporabnik nadgradi z vgrajeno zvočno kartico na matični plošči na nameščeno zvočno kartico v drugi reži, običajno ne more odstraniti originalne zvočne kartice, ker je del osnovne strojne opreme računalnika.