Uporaba homeopatskih zdravil ima tako prednosti kot slabosti, ki se razlikujejo glede na naravo bolezni in način zdravljenja. Glavne prednosti homeopatskih zdravil vključujejo naravne sestavine, omejene stranske učinke in možnost njihove uporabe v povezavi z drugimi zdravili. Pomanjkljivosti homeopatskih zdravil vključujejo potencialno neučinkovitost, potencialno škodljive učinke in pomanjkanje strogih predpisov s strani industrijskih organizacij.
Mnogi posamezniki se odločijo za zdravljenje s homeopatskimi zdravili, ker so sestavljena iz naravnih sestavin. Na splošno velja, da je uporaba zelišč, začimb in vitaminov iz naravnih virov zelo varna za telo. Ta zdravila so na voljo nosečnicam in otrokom, kadar konvencionalna medicina morda ni varna. Zaradi naravnega vira ima večina homeopatskih zdravil tudi manj stranskih učinkov kot običajna zdravila. Neželeni učinki, povezani s homeopatskimi ali naravnimi zdravili, na splošno niso tako hudi ali intenzivni kot tisti, povezani s sintetičnimi zdravili.
Blažji stranski učinki in uporaba naravnih sestavin pomenijo, da se homeopatska zdravila običajno lahko uporabljajo s konvencionalnimi zdravili brez dodatnih škodljivih učinkov. Medtem ko lahko sintetična zdravila pogosto vplivajo druga na drugo v telesu, homeopatska zdravila delujejo usklajeno in spodbujajo splošno zdravje imunskega sistema. Nekateri posamezniki se tudi odločijo, da bodo hkrati nadaljevali s homeopatskim in konvencionalnim zdravljenjem, da bi povečali koristi obeh možnosti.
Potencialna neučinkovitost in škodljivi stranski učinki sta dve glavni pomanjkljivosti homeopatskega zdravila. Naravna zdravila ne delujejo vedno, kar bi lahko predstavljalo težavo pri posameznikih, ki so izbrali homeopatsko zdravljenje pred običajnimi zdravili, ki so dokazano učinkovita. Ker so homeopatska zdravila širše dostopna, se nekateri posamezniki poskušajo samozdraviti, ne da bi se prej posvetovali z zdravstvenim delavcem. To lahko povzroči škodljive stranske učinke, če se zdravljenje uporablja nepravilno.
Morda je največja pomanjkljivost homeopatskih zdravil pomanjkanje strogih predpisov. Zdravila, ustvarjena v laboratoriju, morajo biti podvržena strogemu testiranju, preden so odobrena in izdana javnosti, vendar večina homeopatskih zdravil ni testirana ali ocenjena v kliničnih preskušanjih. V Združenih državah Amerike, na primer, odobritev teh naravnih zdravil s strani Uprave za hrano in zdravila (FDA) zahteva samo izjavo proizvajalca, ki je vložena 90 dni pred izdajo dodatka v javnost in navaja, da je dodatek varen, kot dokaz varni proizvodni procesi, kar pomeni, da se ne dodajajo nobeni onesnaževalci in nobeni dodatki niso shranjeni na nevaren način. To potrošnikom otežuje pridobivanje informacij o tem, ali so tretmaji varni ali ne in ali sploh vsebujejo sestavine, ki so navedene na steklenici. Številni dobavitelji so pošteni glede varnosti svojega zdravljenja, vendar potrošniki ne bodo vedno mogli ugotoviti, katera podjetja so najbolj ugledna, zaradi česar bi bila izbira pravega homeopatskega dodatka težka naloga.