Prednosti in slabosti kloniranja je ogromna tema, ki je znanstveniki in etiki niso v celoti razkrili. Eno vprašanje, ko razpravljamo o tej zadevi, so različne vrste kloniranih stvari. Ljudje bi morda videli več koristi pri kloniranju rastlin ali živali kot na primer pri kloniranju celih ljudi.
Nekatere prednosti kloniranja rastlin se navajajo dokaj pogosto. Na primer, kloniranje bi lahko pomagalo pri razmnoževanju rastlin, ki so bolj odporne na bolezni. Razmnoževanje vrhunskih rastlin, zlasti tistih s prehransko superiornostjo, bi lahko pomagalo pri reševanju vprašanj lakote v svetu. Klonirane rastline so tudi bolj predvidljive, kar bi lahko pomagalo prihraniti na milijone dolarjev stroškov kmetijstva, rastline, ki so blizu izumrtja, pa bi lahko rešili s pravimi programi kloniranja.
Podobne prednosti veljajo za kloniranje udomačenih živali, kot so tiste, ki zagotavljajo vire hrane. Kloniranje bi lahko pomagalo pri proizvodnji vrhunske hrane, ustvarjanju bolj odpornih živali na bolezni in reševanju vprašanj lakote v svetu. Redke živali bi lahko rešili pred izumrtjem, zlasti tiste živali, ki se v spreminjajočih se okoljskih okoliščinah slabo razmnožujejo.
Mnogi ljudje vidijo manj globoko nasprotujočih si prednosti in slabosti kloniranja rastlin in živali, vendar je treba upoštevati nekaj slabosti. Prvič, prizadevanja za genski inženiring ali popolno kloniranje rastlinskih in živalskih vrst bi lahko povzročila pomanjkanje potrebne raznolikosti DNK. Raznolikost pomaga izboljšati preživetje v prihodnosti, še posebej, ko pridejo nepredvidljive stvari. Znanstveniki ne morejo predvideti možnega razvoja virusov ali drugih povzročiteljev uničenja, na katere bi se klonirana vrsta morda morala odzvati v prihodnosti.
Na primer, morda se znanstveniki odločijo klonirati ves riž na svetu. Postopoma proizvajajo samo eno vrsto, veliko bolj hranljivo kot druge vrste. Drugi riž se ne proizvaja več in njegove različice DNK izginejo. Nekaj časa v prihodnosti bo pridelek riža prizadela bolezen in ga popolnoma uničila in svetu nenadoma primanjkuje riža.
To je morda največja »slabost« kloniranja in najpogosteje citirana. Kloniranje lahko podcenjuje možnost potrebe po genetskih variacijah v prihodnosti v nepredvidljivih okoliščinah. Podobne težave bi se lahko pojavile pri kloniranih udomačenih živalih, zlasti če bi v celoti nadomestile živali, ki so ustvarile genetske variacije z običajnimi metodami vzreje.
Še ena od slabosti kloniranja živali so možni stroški. Trenutno je kloniranje veliko dražje kot razmnoževanje živali na druge načine. Stopnja neuspeha ostaja visoka, čeprav se bo to poleg stroškov verjetno zmanjšalo, če se bo kloniranje izvajalo v širšem obsegu. Stroški vplivajo na še eno od prednosti in slabosti kloniranja živali za oskrbo s hrano. Nekateri ljudje čutijo veliko nenaklonjenost jesti klonirano meso, kar bi lahko zmanjšalo vrednost kloniranih živali.
Prednosti in slabosti kloniranja ljudi so bolj zapletene. Potencialne koristi kloniranja zagotovo obstajajo. Med temi je možnost kloniranja delov ljudi, kot so vitalni organi, ki se uporabljajo pri presaditvah, kar bi verjetno izničilo težave z zavrnitvijo organov. Nekateri ljudje menijo, da je kloniranje ljudi, ki ne morejo imeti lastnih otrok ali izgubijo otroke v zelo mladih letih, med “prednostmi” razvoja kloniranja ljudi.
Slabosti vključujejo metode kloniranja, ki jih nekateri menijo za moralno odvratne, kadar vključujejo oplojene zarodke. Drugi menijo, da je ideja o kloniranju ljudi »igranje Boga«. Še en strah obstaja, če se ljudje odločijo za genski inženiring super otrok. Kaj bi se zgodilo s povprečno osebo, ki ni bila proizvedena z metodami kloniranja? To je osnova za legitimno znanstveno, pravno in etično razpravo ter veliko znanstvenofantastičnih filmov.
Problem so tudi stroški in težko bi bilo vedeti, ali bi zdravstvena zavarovalnica plačala osebi za kloniranje organa ali pa bi bile te cene tako previsoke, da bi bil postopek nedostopen ali na voljo le redkim. Ponovno je pomembno vprašanje genetske raznovrstnosti. Ali bi kloniranje odpravilo gen ali delček DNK, ki se danes ne zdi pomemben, a bi se morda kdaj v prihodnosti znašel v drugem svetu?
Pričakuje se, da se bodo razprave o prednostih in slabostih kloniranja nadaljevale, pri čemer bo veliko ljudi v sporu o tem, kateri je najboljši način za nadaljevanje. Nekaj kloniranja že obstaja, verjetno pa jih bo še več, saj znanost še naprej razvija to tehnologijo. Ko bo tehnologija kloniranja dosegla svojo polno zmogljivost, bo ljudem še vedno ostalo vprašanje, kdaj in kako jo uporabiti.