Prednosti in slabosti gensko spremenjenih papaj so predmet razprave. Kot celota so gensko spremenjena živila običajno odporna na nekatere žuželke in druge infestacije. Slabosti so povezane predvsem z dejstvom, da ta živila na dolgi rok niso dokazano varna, zato obstajajo nekatere okoljske skupine in zdravstvene organizacije, ki verjamejo, da bi lahko gensko spremenjena živila škodila zdravju ljudi, če jih zaužijemo v velikih količinah.
Gensko spremenjene papaje so bile razvite tako, da so odporne na virus papaje ringspot, ki je lahko uničujoč za pridelke rastline. Razvili so jih in so v času pisanja tega članka na voljo v različnih državah. Še vedno je več narodov, ki niso skočili na to, vendar uradniki v industriji poskušajo ugotoviti, katere korake je treba sprejeti, da bi postali bolj dostopni. Številne države, kjer so bile gensko spremenjene papaje prvič prodane, so industrializirane, države v razvoju pa so med tistimi, ki zaostajajo.
O proizvodnji in distribuciji gensko spremenjenih papaj in drugih živil poteka huda razprava. Po eni strani zmožnost gojenja več pridelkov brez strahu pred virusi in drugimi patogeni, ki uničijo rastline, pomeni, da je na splošno mogoče pridelati več hrane. Več pridelane hrane pomeni, da je naokoli več. To je pomemben vidik razprave, saj svetovno prebivalstvo raste, običajni pridelki pa morda ne bodo dovolj plodni, da bi nahranili vse v nedogled.
V majhnem obsegu manj izgube pridelka pomeni, da lahko kmetje s prodajo pridelkov zaslužijo več denarja za preživljanje lastnih družin. To je zelo pomembno za pridelovalce, ki imajo morda finančno težave zaradi obsežnih izgub pridelka. Kar zadeva papaje, je virus papaje ringspot lahko zelo uničujoč in lahko uniči celotne pridelke.
Glavna pomanjkljivost uporabe gensko spremenjenih papaj in drugih predelanih živil je, da dolgoročno niso dokazano varne. Nekatere zdravstvene organizacije trdijo, da so tveganja za zdravje ljudi velika in da bi morala biti vsa gensko spremenjena živila prepovedana na policah supermarketov. Drugi trdijo, da so enako varni in zdravi kot bolj konvencionalno pridelani pridelki. Resnica o zadevi morda še nekaj časa ne bo znana.