Uporaba antibiotikov za stafilokokne okužbe ima več glavnih prednosti in slabosti, ki se lahko razlikujejo po resnosti in vodljivosti. Glavne prednosti vključujejo učinkovito zdravljenje in varnost, glavne pomanjkljivosti pa potencialno na antibiotike odporne bakterije, kot je Staphylococcus aureus (MRSA), odporne na meticilin, ter stranske učinke antibiotikov. Posamezniki se morajo pred začetkom kakršnega koli zdravljenja okužbe s stafilokokom posvetovati s svojim zdravnikom.
Številni antibiotiki za stafilokok se uporabljajo za uspešno zdravljenje okužb. Za manjše okužbe s stafilokokom, kot so okužbe kože, bo predpisana preprosta krema, ki vsebuje tri glavne antibiotike. Hujše okužbe bodo zahtevale intravensko (IV) antibiotike za zdravljenje stafilokoka. Nekatere oblike stafilokoka so odporne na antibiotike, vendar je bil ta potek zdravljenja neverjetno učinkovit za nekatere seve, kjer druga zdravljenja niso uspela. Antibiotiki za stafilokok so dobri za zaustavitev rasti okužbe, preden se lahko razširi ali poslabša.
Ena od glavnih pomanjkljivosti antibiotičnega zdravljenja okužbe s stafilokokom je naraščajoče število bakterij, odpornih na antibiotike. Čeprav je bil penicilin najpogostejše zdravljenje okužbe s stafilokokom, so bakterije od osemdesetih let prejšnjega stoletja pokazale vse večjo odpornost na ta antibiotik, zaradi česar so bila potrebna močnejša zdravila. Približno 1980 % stafilokoknih okužb je zdaj odpornih na standardne antibiotike, ki se uporabljajo pri zdravljenju. Široka uporaba antibiotikov v družbi na splošno, ne le pri zdravljenju okužb s stafilokokom, je privedla do tega velikega povečanja bakterij, odpornih na antibiotike.
Okužbe z MRSA so tudi pomanjkljivost uporabe antibiotikov za stafilokok, saj se ne odzivajo na to metodo zdravljenja. Glavni antibiotiki, kot so penicilin, oksacilin, amoksicilin, meticilin in vanomicin, ne ozdravijo okužbe z MRSA. Posledično so za zdravljenje teh hudih okužb potrebni veliko močnejši antibiotiki, kar bi lahko privedlo do povečanih neželenih stranskih učinkov pri bolnikih.
Neželeni učinki antibiotikov so še ena pomanjkljivost te metode zdravljenja okužbe s stafilokokom. Slabost, bruhanje, driska in vznemirjen želodec so nekateri od pogostih neželenih učinkov antibiotikov za stafilokok. Nekateri bolniki lahko doživijo tudi hude alergijske reakcije na zdravljenje z antibiotiki, vključno s koprivnico, srbenjem, omotico in omedlevico, težko sapo ali pojavom belih madežev na jeziku. Nekaterih antibiotikov ni mogoče kombinirati z drugimi zdravili, kot so hormonske kontracepcijske tablete, niti jih ni mogoče uporabljati med nosečnostjo ali med uživanjem alkohola. Te kontraindikacije lahko predstavljajo tveganje za zdravje, ki nekatere bolnike odvrne od jemanja antibiotikov, medtem ko imajo okužbo s stafilokokom.