Obstaja več prednosti in slabosti, ki jih je treba upoštevati, preden se odločite za alternativno srednješolsko izobraževanje. Prilagodljiv učni načrt, manjša velikost razreda, nižja stopnja izostankov iz šole in nizko stresno okolje lahko zagotovijo okolje, ki spodbuja boljše učenje. Težave pri prilagajanju, zmanjšano število socialnih interakcij in negativne konotacije, povezane z alternativnim izobraževanjem, pa lahko vplivajo na to, kako se študent obnese zunaj učilnice.
Za alternativno srednješolsko izobraževanje je značilen spremenjen učni načrt, ki ne sledi tistemu, ki se uporablja v redni javni srednji šoli. Učni načrt je običajno mogoče prilagoditi učnemu tempu učenca, kar je še posebej ugodno za nadarjene učence in tiste, ki imajo težave pri učenju. Primer tega bi lahko bila čarterska šola za nadarjene, ustvarjena za razvoj akademskih in umetniških talentov učencev.
Velikost razreda v alternativni srednji šoli je običajno manjša kot v povprečni šoli. To omogoča nižje razmerje med učiteljem in študentom. Nižje razmerje omogoča večjo interakcijo med učiteljem in študentom ter daje učitelju možnost, da pogosto odgovarja na študentova vprašanja. Učenci, ki imajo težave pri interakciji z velikim številom vrstnikov, lahko uspevajo v alternativni šoli. Poleg tega se lahko učitelj bolj osredotoči na popravljanje nekaterih napačnih vedenj učencev, ki jih v večjem razredu običajno prezrejo.
Študentje lahko uživajo v študiju na alternativni srednji šoli zaradi razmeroma sproščenega okolja. Odsotnost velikega števila študentov in strog kurikulum lahko pomenita nižjo raven stresa, ki je bolj naklonjen učenju. Alternativno srednješolsko izobraževanje tudi preprečuje, da bi učenci “padli skozi razpoke”, tako da daje večji poudarek razvoju učenčevih prednosti namesto ohranjanja določenega povprečja ocen. Študentje uživajo v študiju in zmanjša se stopnja izostanka iz šole.
Po drugi strani pa je prehod iz tradicionalnega okolja v alternativno šolo lahko vznemirljiv za študenta, še posebej, če se prehod opravi pozneje v srednji šoli in ne na začetku. Skupina, v katero je bil študent vajen, bo odsotna, kar lahko povzroči težave pri prilagajanju. To velja tudi, ko učenec preide iz alternativne srednje šole v običajno srednjo šolo. Poleg tega lahko pomanjkanje razredne raznolikosti na alternativni srednji šoli vpliva tudi na to, kako se dijak v prihodnosti druži.
Druga pomanjkljivost je stigma, ki je lahko povezana z učenci alternativne srednje šole. Alternativno srednješolsko izobraževanje je običajno na voljo kot zadnja možnost za “ogrožene” študente, ki težko delujejo v okolju povprečnega razreda. Poleg tega se lahko študent, ki konča alternativno srednjo šolo, težje prijavi za zaposlitev.