Vprašanje pravic zapornikov vključuje ravnotežje med pravicami, povezanimi s tem, da je državljan jurisdikcije, v kateri je zapornik zaprt, s praktičnimi zadevami, ki jih zapor vključuje. Morda je najbolj sporno vprašanje na to temo volilna pravica zapornika. Številne jurisdikcije so odvzele volilno pravico – imenovano “odvzem volilne pravice” – vsakomur, ki je obsojen za nekatera kazniva dejanja. Glede na omejitve zapora so državljanske pravice, kot so pravice zapornikov do svobode izražanja in svoboda vere, v ospredju te razprave. Poleg tega je dehumanizacija zapornikov zaradi slabih pogojev v zaporih tema, na katero se pogosto osredotočajo zagovorniške skupine zapornikov.
Odvzem volilne pravice zapornika je zelo sporna tema na področjih, kjer je volilna pravica temeljna za vsakega državljana. Na primer, v nekaterih državah Združenih držav Amerike vsaka oseba, ki je obsojena za kaznivo dejanje – torej kaznivo dejanje, za katero je zagrožena kazen enega leta zapora ali več – izgubi volilno pravico. Vendar pa so številne države preklicale vse zakone o odvzemu volilne pravice, ki so bili nekoč aktivni.
Drugo vprašanje pravic zapornikov je, kako zapor posega v različne državljanske svoboščine. Ena pogosta pritožba je, da svobodo izražanja pogosto omejujejo zaporniški pazniki, ki zapornikom naročajo, naj ne govorijo v jezikih, ki jih stražar ne razume. Poleg tega zaporniki, ki pripadajo religijam, ki zahtevajo posebne okoliščine za molitev, pogosto težko to storijo glede na omejitve zapora. Argument je, da bi moral zapor za te posebne namene zapornikom zagotoviti njihova verska prepričanja. Po drugi strani zapori trdijo, da zapor pomeni kršenje teh temeljnih pravic.
Morda najbolj razpravljano vprašanje pravic zapornikov so pogoji v zaporih, v katerih bivajo zaporniki. Prenatrpanost zaporov je vprašanje, o katerem pogosto razpravljajo zagovorniki pravic zapornikov. Argument, ki so ga te organizacije navedle, je, da je s prenaseljenostjo teh zaporov z zaporniki nemogoče vzdrževati sanitarne pogoje in so zaporniki ranljivi za škodo s strani drugih zapornikov in paznikov. Poleg tega zaradi namestitve več zapornikov, kot jih je osebje opremljeno, ni mogoče zagotoviti ustrezne zdravstvene oskrbe tistim, ki jo potrebujejo.