Oglaševanje etanola s strani mnogih vlad, predvsem Združenih držav, je povzročilo veliko polemik. V Združenih državah Amerike, kjer se milijarde dolarjev davkoplačevalskega denarja porabi za subvencije za etanol, je polemika postala še posebej ostra in za to je več razlogov. Mnogi se spuščajo v temeljni prepir o tem, ali je etanol, zlasti koruzni etanol, res tako čudežen, kot ljudje trdijo, da je.
Nekateri ekonomisti trdijo, da bodo ljudje plačali za izdelek, kadar ima izdelek lastne lastnosti, zaradi česar so subvencije nepotrebne. Subvencioniranje proizvodnje etanola stane davkoplačevalce, čeprav posredno, in ohranja cene umetno nizke, namesto da bi omogočalo določanje v skladu s pošteno tržno vrednostjo. Ekonomisti, ki želijo videti bolj splošno promocijo trajnostne energije, prav tako trdijo, da subvencije za etanol odvzemajo sredstva drugim virom trajnostne energije, vključno z viri, ki so čistejši, učinkovitejši in jih je lažje pridobiti kot etanol.
Subvencije za etanol lahko igrajo tudi vlogo pri naraščanju cen hrane in v trenutni razpravi o hrani in gorivu. Argument je, da kmete več stane pridelava pridelkov za hrano, saj so ti pridelki manj subvencionirani, cene pa prenašajo na potrošnike. Oskrbo s hrano po tem argumentu zmanjšujejo tudi subvencije za etanol, ker imajo kmetje spodbudo za pridelavo poljščin za etanol, zato preusmerjajo polja, ki so bila nekoč za prehranske pridelke, za pridelavo koruze. Zmanjšanje ponudbe lahko povzroči dvig cen in v nekaterih primerih celo pomanjkanje.
Sam etanol je gorivo z vprašljivimi lastnostmi. Zahteva posebno ravnanje, vključno z edinstveno formuliranim bencinom za mešanice goriv, in posebne tranzitne postopke, ki ga lahko podražijo. Prav tako ne gori zelo čisto in je manj energetsko učinkovit kot bencin, kar pomeni, da bo imel avto, ki deluje na etanol ali mešanico etanola/bencina, manjšo kilometrino. Poleg tega sama proizvodnja etanola ni zelo energetsko učinkovita in v nekaterih primerih lahko gorivo za proizvodnjo in transport stane več energije, kot ga proizvede.
Kritiki subvencij za etanol trdijo, da bi morala biti vladna sredstva usmerjena v spodbujanje resnično obnovljivih, inovativnih virov energije, namesto da bi se porabila za gorivo vprašljive vrednosti. V skladu s tem argumentom se ohranjanje subvencij za etanol šteje za potratno. Zdi se, da bi bila izbira, kam nameniti sredstva, dolgoročno bolj koristna, tudi če novejše tehnologije niso takoj uspešne.