Nekateri člani znanstvenoraziskovalne skupnosti predlagajo, da uporaba terapije z matičnimi celicami za avtizem povzroči normalno ponovno rast možganskih celic in povečanje pretoka kisika v organ. V večini primerov se pri zdravljenju kognitivne motnje uporabljajo matične celice iz popkovine. Domneva se tudi, da se matične celice borijo proti nekaterim možnim genetskim dejavnikom, ki prispevajo k avtizmu, kot so nenormalna tvorba in vnetje v celicah, ki vplivajo na kognitivni razvoj.
Avtizem in motnje, povezane z avtizmom, kot je Aspergerjev sindrom, lahko povzročijo zamude in poslabšanje sposobnosti osebe za socializacijo, komunikacijo in razvoj običajnih življenjskih veščin. Zdi se, da motnja vpliva na razvoj jezika in lahko vpliva na posameznikovo razumevanje in interpretacijo družbenih znakov in sprejemljivega družbenega vedenja. Nekateri medicinski raziskovalci in strokovnjaki za razvojne motnje verjamejo, da je nekatere od teh učinkov mogoče obrniti s terapijo z matičnimi celicami za avtizem. Ta vrsta terapije vnese človeške matične celice v bolnikov sistem v upanju, da bodo te celice povzročile, da bodo možgani zrasli novo, nepoškodovano tkivo.
Eden od verjetnih vzrokov za avtizem je nenormalna delitev celic in rast v delih možganov, ki vplivajo na komunikacijo in razvoj jezika. Posledica tega je, da se tisti z diagnozo motnje ponavadi vedejo na načine, ki se večini družbe morda zdijo nenavadni ali težko razumljivi. Na primer, tipične zgodnje značilnosti avtizma vključujejo skrajno umik in nezmožnost govora in odzivanja na tipičen način. Medtem ko lahko terapija pogosto vključuje vedenjske tehnike, kot je počasno prilagajanje posameznikov na socialno interakcijo, terapija z matičnimi celicami za avtizem poskuša uporabiti naravni proces regeneracije telesa za zamenjavo nenormalnih celic, da bi obnovili nekatere jezikovne in kognitivne sposobnosti.
Možne koristi zdravljenja z matičnimi celicami za avtizem naj bi potrebovali čas, da se pojavijo, saj terapija vključuje postopno ponovno rast normalnega možganskega tkiva. Namesto podvajanja obstoječe genetske kode ali nenormalnih lastnosti te matične celice zrastejo v popolnoma funkcionalno tkivo in naj bi sčasoma nadomestile poškodovane celice. Pri zdravljenju avtizma se je izkazalo, da matične celice povečajo količino kisika v možganih, kar lahko ustvari stabilnejše okolje za razvoj zdravega tkiva.
Čeprav je zdravljenje z matičnimi celicami za avtizem pokazalo nekaj obetavnega, ni bilo splošno uveljavljeno kot sprejemljivo ali ustrezno zdravljenje motnje. Posameznike, ki jih prizadene avtizem, še vedno večinoma obravnavajo z individualiziranimi izobraževalnimi programi in tečaji vedenjskih življenjskih veščin, ki se lahko osredotočajo na teme, kot sta kuhanje in osebna higiena. Za tiste z avtizmom in povezanimi motnjami se lahko resnost in prisotni simptomi precej razlikujejo. Nekateri lahko komunicirajo in dobijo zaposlitev, drugi pa ne morejo govoriti brez pomoči tehnologije ali alternativnih komunikacijskih metod.