Interakcije z amoksicilinom lahko vključujejo neželene kombinacije zdravil, pa tudi konflikte z osnovnimi zdravstvenimi stanji. Zdravila, kot so metotreksat, drugi antibiotiki, kontracepcija in nekatera protivirusna zdravila, so lahko v nasprotju z amoksicilinom. Bolniki s kolitisom in ledvičnimi motnjami morda ne bodo mogli varno jemati tega zdravila ali pa bodo morda potrebovali prilagoditev odmerka. Preden ljudje začnejo jemati amoksicilin, se lahko pogovorijo o svoji zdravstveni anamnezi z zdravstvenim delavcem, da ugotovijo, ali je primeren za njihove potrebe.
Metotreksat, zdravilo, ki se uporablja za zdravljenje različnih stanj, vključno z nekaterimi vrstami raka, je lahko v nasprotju z amoksicilinom. Obe zdravili se predelata skozi ledvice, ki jih morda ne bodo mogle obvladati skupaj. To lahko povzroči zvišanje ravni metotreksata v krvi, kar lahko povzroči neželene učinke. Zdravniki lahko odsvetujejo kombiniranje teh dveh zdravil, ker je medsebojno delovanje zdravil lahko pomembno. Bolniki, ki že jemljejo metotreksat za zdravljenje obstoječe zdravstvene težave, lahko razpravljajo o možnostih in alternativah, če morajo zaradi okužbe jemati antibiotike.
Drugi antibiotiki so lahko tudi v nasprotju z amoksicilinom, ker se pogosto predelujejo tudi skozi ledvice in obe zdravili lahko preobremenita zmogljivost ledvic, kar povzroči povečano koncentracijo enega ali več zdravil. Bolnikom lahko tudi odsvetujemo kombiniranje antibiotikov, ker lahko to prispeva k razvoju odpornosti na zdravila. Znano je tudi, da varfarin, antikoagulantno zdravilo, povzroča interakcije z amoksicilinom. Pojavijo se lahko pogoste krvavitve in modrice, ker telo ne more dovolj hitro izločiti varfarina in moti normalno strjevanje.
Entekavir, protivirusno zdravilo, ki se običajno uporablja za zdravljenje okužb s hepatitisom B, je prav tako povezano z interakcijami z amoksicilinom. Hormonska kontracepcija je lahko manj učinkovita, medtem ko bolniki jemljejo amoksicilin, zato se priporoča rezervna metoda za preprečevanje nosečnosti. Pomembno je, da to metodo uporabljate še nekaj dni po koncu antibiotične terapije, da zagotovite, da se amoksicilin popolnoma izloči iz telesa, kar daje kontracepcijskim sredstvom možnost, da ponovno začnejo delovati.
Druge interakcije z amoksicilinom lahko vključujejo osnovne zdravstvene težave. To zdravilo lahko poveča draženje prebavil pri bolnikih s kolitisom, vnetjem črevesja. Med jemanjem antibiotika lahko občutijo drisko, krče v trebuhu in nelagodje. Poleg tega lahko bolniki z okvarjenim delovanjem ledvic, zlasti če potrebujejo dializo za podporo odpovedi ledvic, doživijo interakcije z amoksicilinom. Ti bolniki ne morejo odstraniti zdravila z normalno presnovo in bi lahko bili izpostavljeni resnim stranskim učinkom brez prilagoditve odmerka za zmanjšanje obremenitve ledvic.